珍愛榕之情感動了青，青不再執著，將藥方交出，并穿針引線，叫藏收珍為徒。青與珍從此以師兄妹相稱。榕病愈后，嬌沒有讓她打理家務，榕無所事事，找喜教授自己廚藝。疫癥爆發，村民爭相購藥。珍要求荊王和林知縣撥款來贈醫施藥，同時公布疫情。林知縣不欲事件給張揚，以免為朝廷怪罪，故不惜犧牲村民的性命來自保，引致疫情一發不可收拾。憲在瀕湖實習，他向荊王自薦到惠民藥局醫治村民。疫情告急，珍在城門外設置臨時檢疫站；村民爭相檢疫，引發集體毆斗。憲見珍對抗疫的熱誠，愿協助珍與村民共渡難關；珍成為抗疫英雄。
珍將染病的村民集中在山上醫治，青、聞等共同協助。抗疫期間，青與珍共同研究藥方，二人志同道合，青對珍的愛火重燃。榕弄來美食慰勞各人，嬌才發現她秘密學習廚藝。憲向高官籌款，將款項用作購買名貴藥材給病人調理身體，珍感激。珍從藏身上得到啟發，研制出蒸醋消毒法。無良J商售賣假藥，珍將他們逐一驅趕。病人得到珍及青等的治理后漸漸康復。珍操勞過度，染上疫癥。榕得知珍染病，擔心不已。藏發現田鼠有治療瘟疫的療效，遂提出以田鼠醫治病人；憲反對沒有理據的方法，惟青卻贊成一試。
珍研制鼠藥湯，并以身試藥，希望其他人會順服它的療效。珍的病情惡化，他在病榻中向青表白心跡，青雖感動卻不敢接受。鼠藥湯終發揮療效，珍病情好轉。抗疫成功，林知縣邀功，遭村民譴責。憲為助林知縣挽回民心，提出向朝廷撥款捐助受害人家屬。珍眼見疲癥期間官方藥局抓錯藥，加上J商售賣假藥，決定重修歷代本草綱目，讓世人辨別真偽。珍向荊王要求支助重修本草綱目，荊王見花費龐大而拒絕。珍希望借助太醫院的力量來達成心愿，憲愿協助他將大綱上奏朝廷。荊王的堂兄楚王攜孫兒恒拜訪荊王府，榕與珍往拜會。珍治好了恒的怪病，獲楚王賞賜。