大唐貞觀初年，唐太宗李世民登基不久，此時并非大唐王朝最好的時代，廣袤疆土還未從連年的戰火殺伐中恢復元氣，緊接著出現的大規模寒雪之災，列使數以萬計的流民涌向大唐王朝長安。這個時候，玄武門蒙難的隱太子乘機制造混亂，排行當朝新政，運用古代的各種殺人手段，殘殺數萬民眾，從而給貞觀新朝蒙上了一層動蕩的陰霾。
長安城門前橫尸遍地，那人殺完人后自吻了。尉遲方將人翻過來后看出那人是神刀崔元啟將軍，崔元啟的手上有李淳風的血印。崔元啟殺人的事情在城中傳開，死前有謠琴響起。李世明了解了案性后知道殺人者是已故的崔元啟，民間傳出了種種鬼神之說。
李淳風知道自己的麻煩來了，他精通天文地理，常住在隨意樓，尉遲方打聽到了他的住處，崔元啟尸身殺人讓眾人難以理解。李淳風回到店里后悄然坐到了尉遲方一旁，他看到了來店里鬧事的鐘馗，鐘馗不分三七二十一就砸了隨意樓的桌子和招牌。鐘馗喝了東西后口吐白沫倒地，他讓人將鐘馗拖出去，尉遲方將李淳風抓走。
李淳風通過骨相看出了來人是尉遲恭，他的話讓尉遲方信服，尉遲方只好放人，李淳風罵他的昏官，尉遲方將他帶走。郡主裝扮成公子模樣來到長安街上，李淳風看到了崔元啟手上自己的名字，他看出那字并非是崔元啟所寫。
謝應龍見到郡主來到崔元啟的尸旁，李淳風在崔元啟手上畫了符印，崔元啟手上的名字印跡已經不見，尉遲方對他無法定罪。郡主看到崔元啟手上的名字已被銷毀，她猜出那人就是李淳風，她只能是靜觀其變。謝應龍來到青樓找柳五娘，他讓她從實招來。
謝應龍在青樓里被人用針扎中頭部后倒地身亡，尉遲方時刻在盯著李淳風，他們看到了一匹馬在追趕一姑娘，尉遲方出手制止了那匹受驚的馬，那女子正是柳五娘。從尉遲方那里李淳風知道崔元啟和謝應龍是隋朝舊將，他們跟著那匹馬來到城外的墓地。
李淳風想從尉遲方那里拿到一些銀兩，尉遲方讓他先隨自己辦案。在墳前他們看到了運尸的馬車，沒有趕車的人，車后躺的人突然站了起來。尉遲方沖出去阻止，剛一交手馬車和人都不見了。李淳風看到了背后無頭的將軍，他用笛聲和那琴音相抗。
尉遲方隨后和那無頭將軍打斗，李淳風的笛聲讓那無頭將軍不能動彈，他看到了李淳風刀上的血，這血證明了那無頭將軍并非鬼魂。等他們返回城中時發現城門樓上吊著一個墳前見過的人，城中鬧鬼的事情傳開。
李世民對于案件的進展很生氣，他發布了告示以示萬民，一些造謠生事之人被抓了起來，他們都是無辜的白姓。拂云郡主也接到皇上圣諭，郡主府也受到連累。李淳風查起了魏紀，他看出了一些端倪。拂云郡主通過下人想起了以前的往事，她知道李淳風已經卷入此案。
謝應龍騎馬倒在地上被自稱長安雙俠的人看到，?他們到后發現居然是死人。尉遲方發現城門口所吊人的心肝被人挖走，他警告士兵不要煽動鬼案。尉遲方拿出了證據讓李淳風看，李淳風無法解釋，他拿出了心臟給尉遲方看，這是為了查清死者死因。
從心臟上他發現了一絲端倪，李淳風認為是那些人的經絡被人控制所致，正是傀儡術起的作用，他們討論之時收到了尉遲方的死訊。
郡主猜出兇手是沖郡主府而來，她要去看一下。鐘馗被誤認為成殺死謝應龍的兇手，尉遲方提出要將鐘馗帶走查問，郡主到后讓人將鐘馗送到衙門，李淳風也來到現場說了自己看法，他的話讓郡主啞口無言，李淳風說謝應龍根本沒死，何來兇手。
李淳風和郡主打賭，他提出要屋內作法來將謝應龍救活，還讓尉遲方做護法。李淳風在屋內用磁鐵吸出了謝應龍身上的針刺，留下藥方后他就離開了，三日后謝應龍可恢復正常。謝慶龍還魂的說法傳開，鐘馗自然被釋放。李淳風將房門關上后叫尉遲方一起看了謝應龍的虎口，他們明白那人就是墳場的無頭將軍。
郡主因打賭輸了，李淳風摘下了她的頭簪。謝應龍的血脈被針封住，李淳風的解釋讓尉遲方明白了幾個人的死因，這正是傀儡術的作用。李淳風向拂云郡主講起了崔元啟和謝應龍反叛的原因，他們當年殺死魏紀是為了搶得傳說中的傀儡術手札，拂云郡主說她并不了解此事。
李淳風知道謝應龍肯定成了某人的傀儡，鐘馗找李淳風表示感謝，他講起了當天鬧事的原因，瓜哥和葫蘆的出現說那晚他們聽到琴聲。李淳風在街上閑逛時聽到了琴聲，追尋過去后聽出琴聲來自郡主府，和他猜測的一樣。李淳風說出了傀儡術的傀儡是被琴聲所控，他向郡主說出了自己的想法，他懷疑她就是背后的操控之人。
郡主不承認她那樣做，李淳風看出她不是真兇。李淳風將自己的判斷告訴了謝應龍，他帶他來到明翠樓查案，他們直接去了五娘房中，五娘說她不會彈玉玲瓏，他拿出手帕時看到了她表現的驚慌之態。