圣譜歷1648年，在曾被稱為神州的土地?極東上空的航空都市艦武藏，是極東唯一的獨立領土。在武藏上的阿利亞達斯特教導院三年梅組學生們過著平淡的生活。在學校，他們所謂的“上課”是追趕跑跳碰，什么招都行，什么招都不奇怪。但是此時主角葵?托利卻不見蹤影。
本多?正純，是個立志要當政治家的窮學生，她在快餓死路邊的關頭，被輕食店“青雷亭”里工作的自動人偶P-01s救了起來。另一方面三年梅組，葵?托利提議要在深夜的教導院里玩試膽大會。
為了除掉深夜的幽靈，三年梅組全員采購必要的物品。而此時的托利，踏進了久違的后悔通道。另一方面，正純也來到了后悔通道，從父親正信以及他的朋友小西那，聽說了十年前發生的事情。