徹平救下真夏后被懷疑是KILL-T-GANG的一員而被隔離，真夏因擔心徹平前去探望。與此同時，KILL-T-GANG的阿瑪拉和摩柯偽裝成賣可麗餅的旅行商人潛入并襲擊了基地，確認了徹平的身份并試圖帶走他，徹平為了保護人類要跟他們離開時，真夏發動了能力，召喚了生命光線手槍并擊敗了阿瑪拉。此行為也讓博士和司令懷疑真夏、徹平與花和明之間似乎有奇怪的聯系。
接觸戰之后，確定了徹平是KILL-T-GANG的一員Albion，也因此方舟派盯上了徹平。因為徹平在基地內被保護著，所以方舟派決定劫持徹平的基因提供者-嵐英司。與此同時，司令給明和徹平派發了秘密潛入空間站將人工冬眠中的英司接回的任務。徹平和爸爸（基因提供者）的會面將會發生何等故事？他們又是否能夠成功將英司接出來呢？
利用了天海道的混亂脫身的徹平的父親英司至今下落不明。與此同時，狀況無時不刻地變化著，為提防KILL-T-GANG的襲來，僅將被選中的人類送至地球外的「基沃特斯計劃」不斷推進著，“方舟派”謀劃著將計劃中所必須的的小花搶奪過來，而正當被派遣至種子島基地作為監察官的広末正準備將小花帶走的時候，大地匆忙而至正好趕上，并使出了得意的飛鏢技將小花救了下來。