借助魅上照的“死神之眼”，月終于將L的本名L.Lawliet寫在筆記上。然而，早有防備的L對筆記做了手腳，真的死亡筆記已交給總一郎保管，月拿到的不過是渡制作的贗品。終于確認月就是基拉的L敦促月自首。與此同時，總一郎等人也趕到現場，突然事態發生重大變化，L被害。
月確信這次是贏了L，決定盡早取回筆記，遂以為好友L報仇為名繼續留在基拉對策室。但是，在L墓前，渡向基拉對策室的成員展示了L生前錄好的視頻，L指定尼亞成為他的繼承人，而且叮囑她和基拉對策室的成員一定不能讓基拉奪回筆記。尼亞來到對策室，很快推理出殺死L的兇手就在那日來基拉對策室收繳火口一案證據的檢察官中，讓眾人刮目相看。
另一方面，她卻對總一郎的兒子、L的生前唯一的朋友夜神月缺乏警惕，這讓月不禁洋洋得意。月讓海砂恢復了關于筆記的記憶，從此以后，月、海砂與魅上照三人聯手鏟除罪犯。基拉肅清罪犯的勢頭越來越猛烈，并漸漸成為得到人們壓倒性支持的人物。為了早日實現沒有犯罪者的世界，月再三試探父親，想奪回黑色死亡筆記。這時，夜神妝裕被綁架了。
總一郎接到綁架者打來的電話，犯人要求用死亡筆記做交換。尼亞斷定是基拉綁架了妝裕，月則決定利用這個機會奪回死亡筆記。
通過侵入監控攝像頭系統，尼亞在錄象中找出了綁架妝裕的犯人——基拉對策室成員日村章子。月與總一郎去救妝裕，與此同時，尼亞也開始了自己的行動。
