調查全世界“奇跡”真偽的奇跡調查官，平賀·約瑟夫·庚與羅伯托·尼古拉斯·尼古拉斯。他們被掃羅大主教，命令去圣羅薩里奧教會調查。那是主張“懷上了神之子”的修女·多洛麗絲受孕的真偽，還有找到了印證惡魔崇拜疑惑的“蛇之符契”的碎片。在現場開始調查的兩人，感到了教會中有不穩定的氣氛。
在圣羅薩里奧教會，一個神父被殺了。第二天，圣母像流淚，在寄宿學校的學生馬里奧一副恍惚的狀態說出神諭。平賀和羅伯托調查不斷發生的“奇跡”的真偽。那個時候，學生卡洛斯似乎在害怕著什么閉關在自己的宿舍里。此時，事件再次發生，這次神父和修女兩個人被殺了。然而平賀發現了一連串的殺人事件的共通點。
的暗部神父被殺事件再次發生。平賀和羅伯托為了尋求線索，潛入了創辦了寄宿學校后死亡的米海爾·伯朗主教的房間，但在那里卻發現了表示惡魔崇拜的符契碎片。第二天，卡洛斯一副被惡魔附身的狀態突然狂暴起來。平賀和羅伯托拿著圣水，決定嘗試除魔。不久后，恢復平靜的卡洛斯說著，也可稱為圣羅薩里奧教會的黑暗事實。