馬云飛正在酒吧放浪形骸，正巧高寒親自下廚打電話讓他回去，馬云飛何堅只好離開酒吧。回家路上，兩人被哨卡攔截。詢問才得知，重慶周邊縣城--萬縣，正成為日軍細菌武器的投放區，萬縣成為瘟疫疫區，萬縣百姓淪落成為疫區災民。
為了防止疫情蔓延，國軍只好沿途設哨卡，阻礙災民進入重慶。兩人目睹了災民的慘狀，感觸頗深。回到住所，高寒在馬云飛身上發現一根長發，正欲興師問罪，這時老于拜訪五特，希望五特能幫助軍統抓捕一名叫橋本三多的日軍細菌專家。
此人正是萬縣疫情的始作俑者！但是馬云飛對此事毫無興趣，打發老于離開。老于向戴笠匯報，戴笠卻成竹在胸，認為五特一定會接下任務。不出戴笠所料，歐陽的一通電話說服了馬云飛，五特決定接受任務--秘密抓捕橋本三多。橋本正在對馬路大進行人體實驗，由于馬路大反抗，失手將實驗病毒注入橋本的助手石川的體內，橋本不但不予救治，還將石川也當成了實驗新病毒的馬路大。橋本對新病毒的狂熱讓周圍的人不寒而栗。
天皇特使中村來給橋本頒發勛章和晉升令，橋本卻并不感激，反而埋怨司令部不給他足夠的經費和馬路大。正巧試驗基地沒有足夠的馬路大，橋本不顧司令部的反對，讓基地長官渡邊上街抓人補充馬路大，中村心里不滿卻也不好發作。
五特來到夏家梁，略施小計混過日偽的哨卡，卻正趕上渡邊圈街抓人，高寒為了解救一名女孩(二丫)不幸被日軍包圍。渡邊在人群中挑選合格的馬路大，李智博、高寒、二丫都被選中，眼看幾人要被帶走，馬云飛何堅趕到與日軍交火，趁亂救出高寒和李智博。
五特與交通員見面，得知橋本喜歡去一家炙酒屋消遣，五特計劃在炙酒屋動手抓捕他。對圈街時發生的神秘人槍戰，中村推測極有可能是五號特工組已經潛入夏家梁，想對基地以及橋本下手，命令渡邊對橋本嚴加看護。
橋本給二丫注射病毒后，打算去炙酒屋消遣，中村卻以橋本的安全收到威脅為由將橋本軟禁起來，不許他踏出基地半步，橋本大怒卻也無可奈何。橋本趁看守不備逃出基地，來到炙酒屋。沒想到他的消遣方式竟然是扮成藝伎的模樣，在炙酒屋中給客人端茶倒水！橋本裝扮成藝伎化名千代子小姐，正在招待客人，五特也按計劃行事來到炙酒屋，準備抓捕橋本。五特在炙酒屋內始終找不到橋本的身影，馬云飛向一名女招待打聽，卻被告知如果想找到橋本先生就得先找到千代子小姐。
馬云飛不解其中的奧妙，來到千代子(橋本)的房間，在和千代子一番明爭暗斗后依然沒有得到橋本下落。何堅在炙酒屋被一名男扮女裝的藝伎騷擾，正巧馬云飛回來，何堅把自己的遭遇一說，馬云飛才意識到千代子就是喬裝后的橋本！兩人急忙重新尋找千代子，可千代子卻已經不見蹤影。
正在失望之際，兩人反被橋本及兩個手下抓獲！馬云飛何堅身手敏捷，干掉橋本的手下，終于抓獲了橋本，正準備帶橋本離開，卻被趕來的中村堵在門口！馬云飛何堅帶著橋本從后門出去，與在外接應的李智博高寒一起開車離開，中村帶隊拼命追趕，一番激烈的追逐戰斗后，五特的汽車損壞，眾人只好棄車帶著橋本奔向樹林中。為了將橋本順利帶到老于設定的接應地點，五特決定分兵兩路，何堅高寒押著橋本趕往接應地，馬云飛李智博斷后阻擊日軍追兵。狡猾的中村準確的推測出接應地的位置，帶大隊人馬朝接應地撲去。
何堅高寒即將到達接應地點，高寒擔心馬云飛李智博的安全，提議自己押著橋本去匯合地，讓何堅回去幫忙。何堅離開，高寒獨自來到接應地，迎接她的卻是一地的死尸和中村帶領的大隊鬼子！馬云飛等人意識到中了調虎離山的圈套，卻只能眼看著高寒被日軍帶走！
回到基地，中村狠狠的教訓了橋本一頓，為此兩人大吵一架。中村制止了渡邊對高寒的嚴刑逼供。但是中村威脅要給高寒注射病毒，把她也變成馬路大！何堅內心自責，沖動的要去營救高寒，被馬云飛攔下來，最后還是李智博想到利用濾水車潛入基地。
馬云飛何堅劫持了給基地送水的濾水車，冒充工作人員順利進入基地。在基地內部，馬云飛打探到關押高寒的囚室位置，兩人順利救出高寒。三人正準備離開，高寒卻提議利用這個機會，想辦法混入橋本的實驗室，將橋本一起抓走。
馬云飛何堅冒充實驗室工作人員，押送高寒進入實驗室，三人順利騙過門口的守衛，混入實驗樓內部，將毫無防備的橋本打昏。三人將昏迷的橋本放在運尸車上，計劃把橋本偽裝成尸體帶出實驗樓。由于看守沒有仔細的檢查，橋本被順利的運出大樓。三人來到門口正準備上車離開，這時渡邊發現高寒失蹤，急忙報警，頓時基地內警報大作，大門關閉。三人徹底暴露，而且退路被斷，只好與日軍激戰，眼看就要被敵人圍殲！