光博士開發了可以融合主人操控者與領航員的同步晶片，可是卻被陰影人偷走了，就在科學省被異次元空間包圍時，熱斗使用僅存的同步晶片與洛克人雙向融合，打敗了野獸人。
熱斗與美露到網路城市參觀，沒想到卻遇到巨大的幽浮在毀壞網路城市，洛克人進入幽浮中才發現又是野獸人搞的鬼，野獸人這次又開啟了異次元空間，熱斗與洛克人雙向融合后一舉消滅了野獸人。
這次熱斗和班上到水利局去教學觀摩、沒想到整個城市的自來水就出了狀況、原來是黑暗機器生命體泡泡人在搞鬼、為了幫助大家有便利的水可以使用、熱斗和洛克人雖然有些爭吵、還是完美的完成了使命…