受到生命威脅的麻陽(yáng)，對(duì)于保護(hù)自己的安堂抱有復(fù)雜的感情，這時(shí)，七瀨打電話(huà)來(lái)說(shuō)發(fā)現(xiàn)在哥哥的電腦里找到了和100年后的通信的內(nèi)容，但暫無(wú)法解析……電視上播放了，麻陽(yáng)和黎士的好友也是次元物理學(xué)家的桐生貴志(藤隆宏)在美國(guó)失蹤的新聞，而此時(shí)桐生貴志和沫島黎士研究所的學(xué)員一起竟帶著一大塊牛肉來(lái)訪，同時(shí)，刑事的葦母衣朔(遠(yuǎn)藤憲一)與從監(jiān)獄出獄相識(shí)的恐怖分子·川島(津村知與支)見(jiàn)面…被推下水投入炸彈生死未卜，而另一方面，桐谷健太發(fā)現(xiàn)了安堂不是黎士的秘密并向麻陽(yáng)詢(xún)問(wèn)……桐生貴志臨走前讓麻陽(yáng)來(lái)取留給沫島黎士的牛肉，誰(shuí)知槍聲響起，桐生貴志竟是被派來(lái)的暗殺者同時(shí)也是安堂以前給了安堂味覺(jué)的伙伴，但是失去了記憶，安堂表示不想和他作戰(zhàn)，但系統(tǒng)自動(dòng)啟動(dòng)……安堂把沫島黎士的婚戒交給麻陽(yáng)，麻陽(yáng)再一次感到安堂是有感情的，邀請(qǐng)一起來(lái)吃早飯并給了安堂名字……
負(fù)責(zé)修理Lloyd的小藥丸因?qū)loyd和麻陽(yáng)的關(guān)系心生嫉妒而拒絕幫Lloyd修理。小藥丸趁Lloyd全身不能動(dòng)的時(shí)候欲消除其記憶進(jìn)行初始化，Lloyd在與麻陽(yáng)的接觸中對(duì)其感情不斷升溫。麻陽(yáng)帶給Lloyd的安心感，Lloyd為了留住二人的回憶不惜拒絕修理，甚至影響到了任務(wù)的執(zhí)行。隨后，趕去救麻陽(yáng)的Lloyd甚至無(wú)法啟動(dòng)戰(zhàn)斗模式阿修羅系統(tǒng)，安堂面臨最大的危機(jī)。二人對(duì)陣?yán)枋肯矚g的游戲——象棋。麻陽(yáng)給Lloyd講述和黎士的回憶，氣氛溫馨融洽，感情和戰(zhàn)斗系統(tǒng)二者只能選其一，遍體鱗傷，隨著對(duì)麻陽(yáng)的感情萌芽，Lloyd的身體發(fā)生異變，但他仍毫不遲疑奔向麻陽(yáng)身邊，繼續(xù)守護(hù)著她，二人關(guān)系密切會(huì)阻礙Lloyd執(zhí)行最重要的任務(wù)——「守護(hù)」嗎
沒(méi)有了小藥丸的Lloyd獨(dú)自處理傷口，發(fā)現(xiàn)了葦母在麻陽(yáng)門(mén)前……此時(shí)麻陽(yáng)的母親打來(lái)電話(huà)說(shuō)自己生病了想看到麻陽(yáng)和黎士的婚禮，麻陽(yáng)只好請(qǐng)求Lloyd一起去拍結(jié)婚照，一直被麻陽(yáng)媽媽和麻陽(yáng)叫黎士的Lloyd，產(chǎn)生了嫉妒的心理，離開(kāi)了拍照現(xiàn)場(chǎng)也沒(méi)有回到麻陽(yáng)家里，麻陽(yáng)回到家四處找不到Lloyd，給七瀨打了電話(huà)…Lloyd與暗殺者打斗，暗殺者稱(chēng)自己有家人，Lloyd放走了他，葦母問(wèn)Lloyd究竟是誰(shuí)舉起槍?zhuān)鳯loyd想起麻陽(yáng)說(shuō)過(guò)殺了他他女兒會(huì)傷心，便暗暗地受搶了，此時(shí)麻陽(yáng)被暗殺者追殺，Lloyd趕到……敵人破壞了黎士的系統(tǒng)，所以Lloyd已經(jīng)沒(méi)有委托人了，但LIoyd有了自我意識(shí)，強(qiáng)行執(zhí)行了原子還原處理，可惜因自己受傷過(guò)重被強(qiáng)行初始化……