鄭婉芝和高一天見面離開時，高一天給了她一個精囊，讓鄭婉芝用漁翁的眼睛去看錦囊里面的內(nèi)容。鄭婉芝回到診所，打開網(wǎng)頁，混淆視聽，然后拿起身邊的新華字典開始翻譯錦囊的內(nèi)容。鄭婉芝接到神秘字條，翻譯過來的謎語就是：刺殺工程師。葉晗忙著工作，低血壓也越來越嚴重，洪少秋讓周圍的人密切關(guān)注葉晗的身體狀況，兩人之間的粉紅泡泡驚呆了一群人。
海隆號竣工典禮上，眾人的心情都有些激動，海隆號花費的是一代人的心血。張西洋開心，這是他一輩子的心血，兩天后總裝下水，為了慶祝眾人的成果，張西洋在海濱度假酒店宴請301所有重要的領(lǐng)導(dǎo)和工程師。明天同樣是張夫人的六十歲生日，張夫人高興地邀請了鄭婉芝。
明天海濱酒店將是一場惡戰(zhàn)，也是至關(guān)重要的一場無硝煙戰(zhàn)斗。八年前，洪少秋接觸過漁翁的密碼，他已經(jīng)將內(nèi)容記在了腦子里，翻譯出了錦囊的內(nèi)容，洪少秋沒有想到，八年前的漏網(wǎng)之魚竟然就藏在自己身邊。
海濱酒店，鄭婉芝一到現(xiàn)場就進入了國安的密切監(jiān)控，整個酒店都是國安的人，洪少秋則一直尾隨高一天，企圖發(fā)現(xiàn)對方的異常之處。高一天進入了301?的禁區(qū)，成功復(fù)制了海隆號的數(shù)據(jù)。高一天的這些動作，并沒有被洪少秋發(fā)現(xiàn)，反而被暗處的小丑盡收眼底。
商菲菲此時并不知道龔懷遠已經(jīng)落網(wǎng)被抓，國安對外的一致口風(fēng)是龔懷遠出差了。鄭婉芝以懷孕前三個月不準(zhǔn)干重活，將商菲菲趕出了房間，利用這個時間，在酒水里下藥。攝影師立馬裝作拍視頻的樣子，鄭婉芝心里有鬼，抱著手里的酒水走出了房間。
鄭婉芝將自己帶出來的酒水放在了案臺上，國安的人立馬將其帶走，換上了一瓶普通的酒水。鄭婉芝再次躲開眾人去房間拿酒水，被洪少秋故意撞破，她還是沒有得手。鄭婉芝在大廳遇到了高一天和張妍，攀談了幾句，高一天和鄭婉芝握手，偷偷的給了鄭婉芝什么東西，鄭婉芝神色自然的放進手提包里，走向了其他方向。
鄭婉芝和高一天碰了杯，突然感到不適，于是走向酒店門口，被大秦等人帶走了，還沒有上車，鄭婉芝就暈倒了。大秦發(fā)現(xiàn)鄭婉芝竟然中毒了，葉晗讓他立馬將人送到醫(yī)院，保住鄭婉芝的性命。鄭婉芝被送進了急救室，葉晗讓洪少秋安撫好父母之后也趕去醫(yī)院。
張夫人今天很開心，切完蛋糕之后，高一天當(dāng)著所有人的面和張妍求婚了，并將自己準(zhǔn)備的手表和項鏈送給了兩位長輩。張夫人喜極而泣，叮囑高一天一定不能辜負張妍。洪少秋臉色難看，他始終覺得高一天身份有問題，讓他在散場之后檢查手表和項鏈。技術(shù)人員拆卸之后，并沒有發(fā)現(xiàn)發(fā)現(xiàn)異常，洪少秋依舊堅持將手表和項鏈拿回來。
鄭婉芝經(jīng)過搶救，安全活了下來，可是毒藥是直接接觸中樞神經(jīng)的，能不能醒來還是個問題。會議上，眾人分析鄭婉芝的行動此次行動漏洞百出，并沒有鄭婉芝一貫縝密的作風(fēng)，應(yīng)該是被人脅迫完成任務(wù)。鄭婉芝應(yīng)該是在大家喝完第一杯酒以后收到計劃失敗的內(nèi)容，然后選擇自殺。
被狙擊的嫌疑人身份已經(jīng)確定，但是不排除存在偽造的可能，所以還需要進一步調(diào)查。對方狙擊手使用的槍械也不是普通的槍支，這突然出現(xiàn)的三個人和之前的嫌疑人完全不一樣，而這一切的發(fā)生都是在比目魚接管K集團之后發(fā)生的，現(xiàn)在正是一個危險的時候，所有人都不能放松。
洪少秋在會上做出了大膽的假設(shè)，從劉子岸的死到鄭婉芝的落網(wǎng)，這冥冥之中似乎有人在操縱，目的就是為了讓所有人誤以為案子已經(jīng)結(jié)清，這樣的話，對方的目的才能達成。洪少秋想要將計就計，在內(nèi)部做出總結(jié)，讓敵人誤以為我們中了計，然后我們暗中撒網(wǎng)，將敵人一網(wǎng)打盡。這個提議很危險，周局很是猶豫。葉晗卻意外的支持了洪少秋的主張，在現(xiàn)階段并沒有其他可靠的方法。
葉晗問起洪少秋對高一天的看法，洪少秋不敢輕言下定論，但是高一天的危險性還是存在的，洪少秋拿出高一天上次出海的坐標(biāo)，申請周局派人仔細去搜查，周局應(yīng)下。洪少秋和眾人找到了坐標(biāo)，成功的打撈出了一塊裝置，裝置的位置就在海隆號下水的地方的，只要海隆號下水，它就可以輕而易舉的竊取海隆號的數(shù)據(jù)。葉晗再次檢查了高一天贈送的手表和項鏈，依舊沒有發(fā)現(xiàn)什么問題。
江源傳來好消息，米小冉已經(jīng)成功渡過危險期。江源很是緊張米小冉，衣不解帶的守在病床邊，照顧米小冉的衣食起居。
洪少秋申請進入海隆號，技術(shù)處臨時趕制出了一款反干擾裝置，一個裝在指揮室，另外一個要裝在有干擾源的地方，這兩個裝置配合起來就可以臨時破壞有可能存在的敵方設(shè)備。反干擾設(shè)備是實時設(shè)備，必須人工操作，所以不能直接放入海隆號。周局拒絕了，洪少秋沒有下水的經(jīng)驗。葉晗提出申請進入海隆號，她是技術(shù)精英，而且陸地上還有兩個不定因素等著洪少秋去對付。周局經(jīng)過深思熟慮之后，同意葉晗進入海隆號參加總裝下水實驗。
兩天時間一晃而過，國安加強了對海陸兩地的警戒，力求安全完成海隆號的總裝下水實驗。張西洋和兩位副總工程師的臉上是自信的笑容，張妍擔(dān)心海隆號，纏著高一天陪自己一同前往。張妍沒有注意到高一天異常陰暗的眼神。
張妍進入海隆號的時候，洪少秋提醒她注意人身安全，張妍的技術(shù)沒有問題，但是進入深海以后，不可控制因素太多。張妍笑著讓洪少秋放心，跟著張西洋等人進入了海隆號。各系統(tǒng)檢測完畢之后，海隆號開始入海。豈料海隆號剛下水救和總部失去了聯(lián)系，洪少秋也發(fā)現(xiàn)無法聯(lián)系上葉晗。肖衛(wèi)回應(yīng)發(fā)現(xiàn)強烈干擾信號，就在海隆號上。
海隆號里的眾人發(fā)現(xiàn)了異常，海隆號失去了聯(lián)系，葉晗很快就推斷出海隆號上有一個巨大的干擾源，她建議立即返航。張西洋愕然，這是海隆號最后一次總裝下水的機會，如果此次不能成功，那么海隆號就將失去意義。為了眾人的安全考慮，張西洋還是下令返航，可智能系統(tǒng)突然失靈，海隆號呈現(xiàn)自由落體的情況。能解決這個問題的只有張妍，洪少秋立馬給張妍打電話，得知對方被高一天接走，肖衛(wèi)在探查高一天位置的時候，國安的指揮系統(tǒng)遭到了攻擊。洪少秋的情緒有些紊亂，海隆號已經(jīng)下潛到五千米，氧氣系統(tǒng)也失靈了，氧氣只能維持四個小時。
葉晗已經(jīng)探查到信號干擾源就在海隆號的外體上，儼然就是張夫人六十歲大壽時，高一天偷偷潛入301安裝在海隆號上的裝置。葉晗利用T96的通訊系統(tǒng)聯(lián)系上了指揮室，讓洪少秋屏蔽了感染源，通訊系統(tǒng)恢復(fù)了，氧氣系統(tǒng)卻依舊處于癱瘓的狀態(tài)。現(xiàn)在已經(jīng)可以確定智能系統(tǒng)的數(shù)據(jù)被人篡改，除非可以作出一份新的智能系統(tǒng)，但是張妍失蹤無疑是雪上加霜。
氧氣不足，海隆號的眾人感到呼吸困難，張西洋覺得這一切都是因為自己的疏漏，情緒有些失控，他對不起跟自己一起下水的眾人。葉晗讓他們相信自己，相信少秋，一定會有辦法的。
洪少秋聽取了商菲菲的建議，來到張妍辦公室找出了智能系統(tǒng)的原文件，找出漏洞以后才可以修復(fù)文件。米小冉是黑客高手，帶病協(xié)助工作，洪少秋發(fā)揮平生最大的能力，修復(fù)智能系統(tǒng)的漏洞。而肖衛(wèi)等人趕到醫(yī)院的冷藏室檢查黑客的尸體。
海隆號正在不斷下沉，沒有智能系統(tǒng)的緩沖，海隆號會直接接觸海床，可能會造成海隆號機體的重創(chuàng)。葉晗連忙讓眾人檢查自己的安全帶，力保每個人的安全。周局等人也是盯著屏幕一動不動。強行接觸海底的沖擊力過大，沒有人都收到了不小的波及，張西洋昏倒了，葉晗趕緊給張西洋喂藥
周局讓人地毯式搜索高一天的下落，肖衛(wèi)取走黑客體內(nèi)的微型干擾裝置，指揮系統(tǒng)就恢復(fù)了。肖衛(wèi)等人在智能系統(tǒng)恢復(fù)之后就趕緊搜索高一天的坐標(biāo)，終于在華山西路找到了高一天的車輛。大秦趕緊帶人趕了過去。周局呼喊葉晗的名字，葉晗已經(jīng)沒有力氣恢復(fù)，氧氣因為剛剛的撞擊，已經(jīng)消耗殆盡。周局立馬派人去催促洪少秋，洪少秋和米小冉不敢耽擱，利用平生所學(xué)，終于恢復(fù)了智能系統(tǒng)。洪少秋拿著數(shù)據(jù)就趕回總指揮室，不知道闖了幾個紅燈，就想趕在氧氣耗盡之前安裝好新的智能系統(tǒng)。
新的智能系統(tǒng)傳輸量很大，速度很慢，氧氣只余百分之十了，葉晗等人出現(xiàn)缺氧昏迷了過去。洪少秋等人費勁九牛二虎之力終于安裝好了海隆號，但是海隆號的氧氣系統(tǒng)已經(jīng)到了極限，洪少秋的呼喊沒有人回復(fù)，總指揮室陷入了悲傷，米小冉忍不住淚流滿面。就在眾人以為海隆號里的眾人已經(jīng)犧牲時，葉晗的咳嗽聲響起，給大家?guī)砹梭@喜，海隆號的四人全都安然無恙。周局立馬下令讓海隆號返航，葉晗表示明白，眾人臉上洋溢著新生的喜悅。張西洋等人收集完數(shù)據(jù)準(zhǔn)備返航。
洪少秋收到了高一天的消息，想知道張妍的下落，就一個人赴約。洪少秋不敢輕舉妄動，給周局發(fā)了條消息，就離開了總指揮室。大秦攔住了高一天的車輛，卻發(fā)現(xiàn)高一天已經(jīng)金蟬脫殼，成功逃離了國安的視線。而洪少秋先斬后奏的私自行動，讓周局愁白了頭。
海隆號成功返航，張西洋等人一登陸就立馬接受了醫(yī)生的全面檢查。葉晗問起洪少秋的下落，得知他一個人去找高一天以后，連忙趕到工作崗位，尋找高一天的線索。洪少秋在一座山里看到了被綁在椅子上的張妍，張妍處于昏迷狀態(tài)，他著急的想要跑過去，卻被暗處的狙擊手射傷了一條腿。洪少秋聽到了高一天的聲音，他現(xiàn)在已經(jīng)確定了高一天就是比目魚的身份。
張妍身邊有個五千毫升的容器，而里面已經(jīng)有一千毫升的血，正常人失血超過兩千毫升必定死亡。高一天提出玩一個游戲，讓洪少秋在張妍死亡之前救下她，就算洪少秋成功。在高一天眼中，所有人的命只是兒戲。洪少秋想趁其不備用石子砸醒張妍被狙擊手米拉發(fā)現(xiàn)，射傷了洪少秋的一條手臂。
葉晗讓肖衛(wèi)查出當(dāng)年漁翁去過的所有地方，最終將目標(biāo)鎖定在洪少秋所在的山上。葉晗帶人及時趕到，幫洪少秋包扎傷口。洪少秋不肯撤離，他要保證張妍的安全，只有狙擊手再次開槍，葉晗的人才能擊斃對方。洪少秋不顧個人安危，上前救下了張妍，大秦也在對方開槍的前一秒確定了米拉的位置，擊斃了對方。
葉晗讓人送張妍和洪少秋回去，自己留下搜索高一天。洪少秋突然想起小丑的存在，擔(dān)心葉晗的安危，帶傷跑回了山里，遇見小丑拿槍對著葉晗，他想也不想的從背后射殺了小丑，葉晗也被射傷了手臂。高一天中了一槍，帶傷逃跑，卻因為被恩威斯拋棄，在山里沒人接應(yīng)。洪少秋出血過多，槍都拿不穩(wěn)，高一天趁機搶了他的槍，幸好葉晗等人及時趕到，救下了洪少秋。葉晗哭著抱住了暈死過去的洪少秋。
301案件到此終于落幕，眾人都不禁在心里送了口氣。海隆號的下水實驗成功，國安的人也立了大功。案件結(jié)束之后，葉晗就離開了三島市，離開之前，洪少秋和葉晗的感情也有了巨大的進展。
一年后，葉晗所在的省市發(fā)生了多起重大泄密案件，上司要求成立專案組，三十天破案，還特地為葉晗請了兩個幫手。葉晗和米小冉拒絕，她覺得自己有能力完成。兩個幫手到了之后，葉晗哭笑不得，門外站的儼然是洪少秋和江源。時光彷佛回到一年前，這一切都是緣分。