1938年2月，上海。上海民間秘密抵抗組織負責人許非凡準備執行一項秘密任務。今晚是個神秘的雨夜，吃完面準備回家的林秋雁目睹了許非凡被人追擊的血腥畫面。許非凡中彈后只身抵抗，還不忘提醒林秋雁快點躲開。林秋雁卻拉開了井蓋，二人一同躲開了這些人。聽說許非凡殺了日本人，林秋雁很是佩服的樣子，還沒有一點害怕的樣子，許非凡夸她了不起。
林秋雁確認那些日本人都走遠后才和許非凡一起離開，許非凡問了她的名字，還夸她的名字好聽。林秋雁在復旦大學讀書，許非凡囑咐她要好好念書，要是日本人讓她書念不下去，就找個地方躲起來，等他們把日本人都打走再出來繼續讀書。回去的時候，許非凡還很感慨今晚遇到的事情，還有林秋雁這個小姑娘。
林秋雁和張子墨是一對情侶，見面的時候林秋雁說自己餓了想吃飯，張子墨就帶著她去了凡爾賽餐廳。這家餐廳的老板正是許非凡，林毅翔和宋逸坤約了在這里見面。許非凡對他們沒有過多打擾，無意中看到林秋雁和張子墨在一起吃飯，特地讓梁錫龍送了幾份菜給他們，表示是因為老板很敬重他們這樣的年輕人，還為他們免了餐費。林秋雁和張子墨很納悶，其實他們也因為這里的飯菜太貴不敢多吃，索性就承了這份情。宋逸坤告訴林毅翔，組織決定將他調往重慶工作，二人認為許非凡是個可以爭取的對象，這是林毅翔留下來的工作。
梁錫龍不明白許非凡今天為什么讓自己給兩個學生送餐，許非凡就說了昨晚林秋雁救了自己的事情，而且她還是林毅翔的妹妹。他最近要離開上海了，把妹妹托付給許非凡照顧。組織決定轉移林毅翔的家人，也包括他的妹妹林秋雁。林秋雁和張子墨同時收到了家里來信催他們回去，二人離開前去了一趟東方巴黎夜總會。二人偷偷在漢奸車上安裝了爆竹，最后倒是成功嚇了他一跳，但是卻破壞了刺殺計劃。直到這個人死在他們眼前，林秋雁和張子墨臉上的笑容迅速消失離開。自打南京淪陷，他們都期望著收到家里的消息，這次他們真的可以回去了，家里人沒事就是最大的寬慰。
今晚刺殺漢奸的人是軍統特工周天昊，而張子墨的真實身份是地下黨成員，宋逸坤是他的上級，這次回南京，張子墨有任務在身。南京目前表面上一片太平，背后卻很是危險，林父是著名的考古專家、愛國志士，日本人對他手上的古玩字畫覬覦許久，所以組織決定盡快營救。林秋雁和張子墨一起回到了南京，各自回到了家里。回到林宅，林秋雁很是開心，她還有個妹妹，林母一直都很思念她。林秋雁這個丫頭古靈精怪的，也讓家里人放心不下。林秋雁又去見了林父，他正在看一副字畫，見到她也很開心。
張子墨的姐姐催著他趕緊結婚，不過他還沒想過這件事，他想要投軍。但姐姐堅決不允許，他畢竟是家里唯一的男丁。特別行動隊周志濤前來報道，他的第一個任務是把林家一家人安全送往武漢。
牧齋希望林父和日本人合作，但是國之瑰寶焉能輕易送給別人，無論怎么說林父都沒有同意，牧齋心中頓時起了殺心。今天是國都淪陷的第一百天，林秋雁想要和張子墨一起去參軍，但張子墨認為保衛國家是男人的職責。林秋雁的想法并沒有錯，張子墨也懂她的想法，只是他不想讓林秋雁陷入危險。
周志濤要護送林家人去武漢，林父是個有骨氣的人不愿意離開，但是周志濤說得對，他不能置家人的安危于不顧。林秋雁得知他們要去武漢并不開心，也不愿意相信周志濤。不過林父決定離開了，只要古董不在日本人手里就無妨。今晚他們即將動身，周志濤安排了人在林家周圍盯著，今晚的行動絕對不能有任何閃失。
日本人得知有人拜訪了林父，立刻安排了今晚的刺殺行動，不論男女老幼絕不手下留情。林秋雁覺得周志濤在虛張聲勢，何況她才剛回來這又要走。林秋雁去找張子墨，不過他不在家，姐姐說他總是一大早就出門了。林秋雁和姐姐打了個招呼就匆匆回家了，沒見到張子墨心里還有些郁悶。即將離開南京，林父和林母還有些傷感，畢竟在這里住了幾十年。
林秋雁給張子墨留下一封信和照片，想著到了武漢就讓他來看自己。張子墨一心想要去前線，但他是復旦大學金融方面畢業的，組織決定送他去延安。張子墨同意了，還申請帶林秋雁一起去。深夜，日本人搶先一步進入林宅，同時也在暗中尋找寶物。林秋雁察覺到不對勁，剛打開門就被日本人包圍了。林父聽到響聲才發覺有人進來，知道他們一定是沖著這兩樣東西來的，所以把它們交給林母讓她帶著離開。但他們?還沒來得及跑日本人就來了，林父不愿意交出國寶，將這張圖燒毀。只是燒到一半日本人便搶了過來，林父也認出了他，是牧齋。
林秋雁正在和日本人激烈打斗，林父死在了牧齋的刀下，目睹這一幕的林秋雁崩潰不已，可她受了傷被控制，只能眼睜睜地看著父母被殘忍殺害。林秋雁絕望過后拼死一戰，提著刀向牧齋跑去要為父母報仇，可是孤身難敵，無助地暈倒在這個雨夜中。周志濤得知林家出事的消息才匆匆趕來，偌大的林家卻只有林秋雁一個人活著。
姐姐讓張子墨抽空去林家看看，說林秋雁昨天來找過他。張子墨趕去林家，卻發現很多人圍在外面討論昨夜的事情，聽聞林家所有人都死了。張子墨不愿相信林秋雁也死了的事情，但是現場并沒有發現林秋雁的尸體，宋逸坤派人在周邊尋找她的下落。林秋雁被周志濤所救，醒來后一直抓著他問父母的下落。
家國危難，林秋雁去世，張子墨決心參軍，給姐姐留下一封信便離開了。林秋雁最近一直在做噩夢，夢到父母去世的那一個夜晚。宋逸坤一直在尋找林秋雁的下落，上級還沒有把家里的情況告訴林毅翔。他們擔心林秋雁被軍統所救，一心為父母報仇的她會加入軍統。林秋雁的傷好多了，打算回家里看看。周志濤希望她盡快轉移到武漢，但林秋雁對他并不信任，就是因為他所謂的轉移父母才會被殺。在沒有查到殺害父母的兇手之前，林秋雁絕對不會離開南京，周志濤表示自己一定會查到，這是他們的職責。但是他們是有紀律的，即便查到了也不能告訴林秋雁，但他認為林秋雁很有做特工的潛質。
周志濤和林秋雁說了自己的推理，林秋雁迅速將兇手鎖定在了牧齋身上。她決定加入軍統，她是一塊好材料，所以周志濤還是同意了。林秋雁為自己爭取到了留在南京的機會，她把父母安頓好后，決心為他們報仇。
1938年5月，陜北。張子墨一行人馬上要到延安了，路上大家都說說笑笑的，懷著對未來的憧憬，張子墨卻沉默寡言，滿懷心事。宋連清來到上海向宋逸坤報道，他是宋逸坤的侄子，他們帶來了很重要的任務。加入軍統后的林秋雁一心為父母報仇，面對艱難的訓練咬緊牙關堅持下去。對于宋逸坤而言，林秋雁就像人間蒸發了一樣，誰都找不到她的消息。
林秋雁正在進行麻木的訓練，她心懷仇恨，汪遠卻總是跟在她屁股后面問個不停。一次分組對抗中，林秋雁把汪遠認成了殺害父母的兇手，沖動之下對他下了死手，周志濤急忙沖上來阻攔，汪遠抹了抹一鼻子的血，轉頭卻跑去周志濤面前為了林秋雁求情，畢竟男人何苦為難女人。但周志濤說這是軍統的訓練班，不是鬧著玩。
張子墨來到延安三個月已經有了軍人的氣質，他一直希望結束抗大學習做任務，但是他接下來要面臨的是更加嚴厲的訓練。林秋雁正在關禁閉，突然闖入一幫帶著面具的人，林秋雁再次應激把他們當成了殺父仇人，心底的仇恨險些將她徹底吞噬。這些人是周志濤帶人假扮的，他不希望自己培養的是一個懦夫，林秋雁希望他再給自己一次機會，她一定會打敗內心的陰影。林秋雁和張子墨，一個身在軍統，一個身在中共，不約而同地練習著消滅敵人的本領，他們的目標是一致的。
林秋雁經過訓練已經練成了絕佳的身手，周志濤決定帶她去完成一個任務，但不是出于對她的信任，而是對她的考核。任務地點是南京，林秋雁愣了一下，但還是立刻答應了下來。二人回到南京，盛裝打扮后一同來到了夜總會，這次的刺殺目標是傅成博。