緊要時刻，王胖子以兩捆炸藥將成群蟲霧消滅，聲音通過管道引發共鳴，恰好此時焦老板隊伍在管道之內。待刺耳聲過后，汪家人首領猜測管道橫貫整座山體，連通雷城內外，所以才會致使大量簧片傳導雷聲震動，而聽雷室必然就在不遠處。
角蟬在劉喪耳孔內越鉆越深，哪怕吳邪用盡各種方法仍是無濟于事，黑瞎子曾在云南見過當地人用燒紅的鐵簽對付蠱蟲，于是想以這種方法進行冒險嘗試。因隨身物資有限，黑瞎子只能將細長小刀燒紅后扎入劉喪耳孔，幸好順利取出角蟬，脫離危險。但劉喪耳膜受損嚴重，如再受聲波影響可能就報廢了。
劉喪趁先前炸雷時簡略畫出路線圖，奈何路線尚不完整，再加上時間緊迫，必須盡快找到山路。最終劉喪要求王胖子再炸一次，而他則根據周圍聲音聽出管道內部結構，并且畫上后續路線，但代價卻是耳朵永久失聰。
考慮吳邪還有重要事情要做，劉喪不愿成為拖累，打算離隊，白昊天主動留下照顧。王胖子臨在分別之際，特將花生交到劉喪手里，緊接便與張起靈、黑瞎子跟隨吳邪離開。
四個人依照路線摸索前行，終在聽雷室門前停下，張起靈觸碰機關，待石門緩緩打開，其內景象一覽無余，與南海王地宮壁畫相差無幾。
現場除了四具七耳干尸以外，還有許多蓮花青銅柱和一箱堆積厚塵的磁帶。每盤磁帶上都有不同文字，詳細檢驗后，發現均是吳三省親筆所寫。由于字面意思不連貫，使得其他人深感疑慮，但經吳邪一番解釋，才知這便是三叔獨創密碼，只要解開密碼內容就能解出每盤磁帶的各種用途，以及它的雷聲素材。
王胖子發現磁帶接口似乎被人刻意剪輯過，倘若假氣象隊在此播放過磁帶，便是解開謎團的關鍵信息。但是如今這些磁帶留在這里，或許當年他們拿著密碼也未能讓神器實現愿望。只是當前未到雨季，想要找出線索只能人為進行，張起靈留意過周圍，發現通過敲擊青銅柱就能發出不同聲音，模擬雷聲。
塔林裝置共有九十九個，而劉喪畫的地圖共標記九十九根青銅柱，吳邪認為塔林定與青銅柱相連，古人靠敲擊傳導雷聲到聽雷室，從而產生頻率，啟動神器。然而方法可行，實踐起來卻很難，想在極短時間內敲響正確頻率，幾乎絕無可能。
黑瞎子突發奇想，決定用播放錄音帶的方式觸發同頻共振，只要四個人以最快速度敲擊共振的柱子，或許能夠歪打正著。吳邪選擇一盤名為“真相”的磁帶進行播放，果然成功引導雷聲，隨著雷聲逐漸放大，形似蓮花的神器繼而展開，折射出吳三省的幻影，亦是他遺言影像。
在這段遺言里，吳三省交代他是如何離開死當區，并對聽雷產生興趣，意外發現淹沒在歷史中的古國。吳三省在出去后混入假氣象隊，打聽到這些人一直在找南海王地宮，并搶在這些人之前進入南海王地宮，他們此舉激怒了假氣象隊，對方便將吳三省、楊大廣、母雪海先后綁架威脅，逼迫他們研究從地宮里帶出來的各種文物資料，尋找雷城。
雷城曾是南海國的圣地，傳說內藏巨大財富，而且強大的神器可平一切遺憾。探尋期間，楊大光病死，母雪海發瘋，最后僅剩吳三省一人，眼見假氣象隊遭蟲霧攻擊喪命，就連他也身負重傷。等待死亡的前夕是孤獨且漫長，吳三省在這段時間里回想很多事，包括陳文錦的不理解，還有等在家里的吳邪，以及發現了神器真正的秘密。
神器之所以被雷聲驅動，源于它來自上古文明，南海王偶然得到此物，發現其中強大的功能，比如控制、驅使生物體，甚至能夠改變生物體結構，結果沒有一個功能可以讓人回到過去，彌補遺憾。吳三省勸誡來到雷城的所有人，彌補遺憾有可能造成更多的遺憾，不如珍惜眼前人，珍惜活在當下的時間。吳三省讓吳邪抬頭往前看，忘記自己。
吳邪目睹三叔幻影消失，落寞地擦掉鼻血。王胖子看見后，頓時驚慌失措，趕忙尋找名為“平遺憾”的磁帶，隨即播放磁帶內容，帶著黑瞎子和張起靈跑出去敲擊青銅柱，想要挽留住吳邪的生命。
但是吳邪心里清楚，遺憾是永遠無法抹去的存在，縱然吳三省千辛萬苦尋來，仍無任何答案。吳邪已對神器不抱任何希望，卻格外害怕離別，這一路走來至今，每個點滴畫面重新浮現，他感謝所有生死不棄的朋友，即便無法坦然離開，對世間仍有遺憾，可惜身體已無法支撐自己繼續回望，在雷聲大作間，繼而倒下。
焦老板隊伍慘遭雷聲的折磨，痛苦不堪地跑出管道，進入雷城。白昊天察覺到陌生的腳步聲逼近，正要帶著劉喪離開，沒想到江子算突然出現在身后，立馬將二人拉走。
江子算掩護二人躲在石后，目睹一隊人馬匆匆跑過，這些人不屬于焦老板的隊伍，卻是沖著雷城而來。兩組隊伍相繼前往聽雷室，白昊天擔心吳邪安危，想要通風報信，江子算表面承諾照顧劉喪，但在白昊天走后，一路尾隨，趁其不備時，將她打暈。
張起靈、王胖子和黑瞎子被焦老板隊伍包圍，而吳邪倒在焦老板腳下，氣喘吁吁，幾乎所有生氣都已抽空。焦老板用槍指著吳邪，目光卻看向對面三人，他讓對方交代吳三省的秘密，其中包括啟動神器的方法。
三人緘口默言，焦老板沉不住氣，舉槍打傷黑瞎子，伴隨槍響聲起，雷鳴陣陣傳來，神器似受感應，繼而展開花瓣，四面神像泛現金黃。小哥等人看向吳邪，并在他暗號發出后，紛紛擊向汪家人。
正當現場混亂之際，蓮花神器下方機關開啟，一條深邃地道直通金水棺材。吳邪體力逐漸耗盡，終是不慎跌入金水棺材，雷聲解密內容便是來自古人的敘說，雖以同樣方式觸發神器，結果再無下文，倒是讓他通過金水浸泡，意外改變體內結構，治愈即將垂死的殘軀。
焦老板挾持所有人，逼迫吳邪重新啟動機關，打開道口。吳邪眼見焦老板頑固不化，索性和盤托出實情，并將磁帶交給他，焦老板安排手下根據磁帶敲擊青銅柱。而貳京帶著另外一批人則在青銅柱旁放置炸藥，準備摧毀雷城。
本以為財寶將會藏于神器下方，怎料下方只有一座棺材，焦老板親自躺在棺材里，可惜真相遠比現實殘酷，他窮其一生追尋的東西，到頭來竟只是虛無，就連神器也都無法讓人填平遺憾，所謂雷城傳說僅是南海王的謊言。
隨著信念崩塌，焦老板徹底絕望，他以不可理喻的情緒回應著吳邪，想和大家同歸于盡。恰巧黑瞎子拋擲炸彈對付汪家人催動青銅柱，眾人不堪刺耳音波，紛紛痛苦蜷縮在地。吳邪趁機奪下手槍，對準焦老板，告訴他神器只是一種儀器，所謂撫平一切遺憾只是給人內心一種慰藉。焦老板追逐一輩子的雷城本就是一個虛無的存在。吳邪本打算放過焦老板，怎料江子算突然出現，吳邪只顧閃躲，而焦老板則失魂落魄地離開。
時隔多日，江子算如愿見到吳邪，于是二話不說直接上前開打，整個人再度陷入瘋狂狀態。王胖子逐漸蘇醒，急忙撲向江子算，與他互搏，奈何不是對手，三兩下便被打倒。而被打的吳邪體內因金水發生改變，終是嘔出一口血水后重新恢復生機。江子算回頭去找吳邪，沒想到吳邪瞬間截住江子算的拳頭，目光遠比以往狠厲，再也不似先前那般孱弱。
江子算面對吳邪猛烈攻擊，毫無任何抵抗，幾近垂危之際，終是道出心中遺憾，江子算只想姐姐阿寧活過來見自己一面，這也讓吳邪停下來，不忍繼續動手，便去翻找名為“遺憾”的磁帶，放在江子算手里。與此同時，張起靈守在聽雷室外打退汪家人，吳邪帶著王胖子與他匯合，鐵三角重聚，一個沒少。而黑瞎子包扎好傷口后，獨自去找焦老板，決定為啞女報仇。
聽雷室內，江子算從金水棺材里爬出來，三葉見此驚慌失措，剛要逃跑，卻聽身后傳來江子算的呼喚，一聲“姐姐”令她再也邁不動腳步，繼而抱住江子算，輕聲安慰。江子算臨終前，懷念著過往種種，印象中的阿寧如同三葉這般溫柔，溫柔到他不舍離去，想與姐姐永遠在一起。
貳京匆忙趕來，正是江子算剛咽氣之時，三葉強忍悲痛，默默站起來走到貳京身邊，結束了她的臥底任務，原來貳京早在啞巴村就已認出田有金，于是順水推舟將三葉安插在焦老板身邊，從始至終，三葉都是貳京的人，也在貳京的掌握范圍，唯獨感情成為不可控的因素，她給貳京留下的記號，最終成為江子算的索命鉤。貳京命人將青銅片和神器都拿走，準備開啟藏有真正財寶的地方。南海王生性嚴謹，將財寶藏在另外一個地方，但是尋找財寶需要神器才能打開開關，而貳京自始至終的打算都是為了神器。
焦老板趁亂逃跑，竟不想黑瞎子跟在身后。汪家人及時趕來掩護焦老板先走，鐵三角也在此刻上線，幫黑瞎子攔住汪家人，為他爭取時間去給啞女報仇。黑瞎子悉知焦老板藏在附近，于是吹響蝙蝠哨帶動青銅柱共振，焦老板不堪聲音困擾，痛苦地從山石后面出來，苦苦哀求。
原本黑瞎子并不想讓焦老板死的太痛快，怎料焦老板手下趁黑瞎子不注意，直接用鋼絲勒住他的脖子。焦老板眼見危機解除，不由松了口氣，正當他忘乎所以之際，忽聞雷聲大作，一道閃電劈向焦老板手下，令其當場斃命，焦老板也在極度驚恐中被雷電連連擊中，自燃身亡。
仇雖已報，卻平不了遺憾，憶及與啞女的相識點點滴滴，黑瞎子流下眼淚而后帶著蝙蝠哨離開。貳京收拾完地宮內神器離開，三葉看著江子算，擦掉淚水，揚長而去。地宮已被貳京投擲許多計時炸藥，隨著爆炸聲響起，無數根青銅柱崩塌，幸虧吳邪等人命大，死里逃生。
炸藥已將雷城機制破壞，眼下密林里的毒氣反流入雷城內，需盡快找到出口。危急時刻，吳邪想起青銅柱與塔林相連，聯想氣象站雷擊后留下的圖案，畫在地上和劉喪畫的雷城圖兩張地圖比對，發現圖案基本一模一樣，而雷城地宮多了兩道承重墻。發現古代工匠們在修建時會使用特別堅硬的材料做支撐，以防倒塌，所以雷城的兩側墻面里會有兩根傳音柱，只要順著傳音柱往上爬，便能逃離此地。隨之黑瞎子和張起靈尋找傳音柱，吳邪催促王胖子跟上卻發現他言語異常，原來王胖子腿骨受傷，無法走動，本想不拖累大家獨自留下，但吳邪堅持留下為王胖子包扎，隨即背起他與別人匯合。
張起靈順利找到傳音柱，隨后張起靈先行，黑瞎子斷后，吳邪則用繩子與王胖子綁在一起，倆人艱難爬在管道內部。因為現在處于雷雨季，王胖子有些顧慮，擔心人還沒離開，直接就被劈死。然而王胖子話音剛落，吳邪意外失手，倆人根本來不及反應，直接順著管道往下滑，多虧黑瞎子在下面撐住，一場虛驚過后，繼續攀爬。
通過白昊天和劉喪的幫助，大家轉危為安，重回塔林洞窟。吳邪依照當初承諾，特將賈咳子尸首帶出去，李加樂也從遠處走來，大致講述先前遭遇。眾人站在山頂看向遠處，內心沉重萬分，黑瞎子扔掉啞女的蝙蝠哨，與雷城傳說徹底告別。
綠皮火車上，吳邪翻開三叔筆記，經歷此番種種，感悟頗深，雖然沒能如愿找回吳三省，可他目前還有重要事情得做，那就是抓出另外的J細。坎肩接到電話得知吳邪現已安全，趕忙奔走相告，吳二白聞訊欣慰，逐漸恢復些許精神，不再死氣沉沉。
王胖子和吳邪相繼住進醫院，好在王胖子腿骨并無大礙，食欲反倒猛增。醫生為吳邪詳細檢查身體，驚訝他肺病忽然痊愈，堪稱醫學奇跡。貳京來醫院看望吳邪，佯裝一副關心模樣，吳邪看破不說破，隨即表示重新開業吳山居，至于吳二白產業則交給貳京處理。
貳京回到病房后，主動跟吳二白聊起計劃，原本他是讓吳邪喪命雷城，全盤掌控吳家產業，奈何計劃落空，不但沒能打響如意算盤，還讓吳邪身邊圍著許多能人，再想處理干凈的確有些棘手。不過貳京并未有所忌憚，他已經通知十一倉的人動手，相信無需多久便能收到吳邪等人的噩耗。
與此同時，十一倉正在熱議歷史遺留懸案，傳說當年張啟山命令手下將貨物沉水，待所有士兵完成收尾工作，全都毫不猶豫地集體自殺，而沉在水底的神秘物件至今還未找到。十一倉想要率先找到這批貨物，沒想到已經下水的三名倉員突然遇難。