王鐸正在考慮是否如期啟動超級市場，他怕助紂為虐讓整個反恐行動受到影響，寧可自己受到懷疑也盡量去拖延時間，突然整個超級市場恢復了正常，這讓整個控制中心的人都很驚訝，王鐸馬上讓人查找供血救治的來源并把情況報告給伯戈洛夫，自己也緊急聯絡反恐數據中心。因為反恐數據中心的系統與木馬相連，超級市場一解鎖，其原有的防火墻和反向追蹤系統立刻開啟，為了保護數據資料，程柳不得不直接切斷了數據中心的電源。
超級市場在沉寂了幾個月后又重新上線，雖然程柳及時處置讓資料沒有外泄，但是很多毒品和軍火交易的線索也隨之中斷而無法追回。常建安得到報告后非常重視，他讓姜玫全力查找超級市場解凍的原因，同時命令全軍電腦比武的前三名隨時待命準備支援姜玫。王鐸傳來情報稱這次超級市場的解凍并不是KK集團的內部操作，而是有外部供血者幫忙。宋安琪把電話打給了伯戈洛夫，告訴他這個讓超級市場再次啟動的人正是唐石。伯戈洛夫認為唐石是不可多得的人才，便同意與他會面，唐石提出自己為他效力的條件，一是他在文明世界里的清白身份，二是五百萬歐元的年薪，伯戈洛夫沒有猶豫，爽快地答應了唐石的要求。宋安琪對唐石和伯戈洛夫合作很是擔心，她知道養父是一個心狠手辣的人，她想讓唐石帶著自己離開這危險的境地，但唐石卻不甘心就這樣浪跡天涯，他有著更深遠的打算，那就是控制暗網平臺，成為文明世界的英雄。
伯戈洛夫雖然不信任唐石，但只要能讓超級市場恢復工作，他就愿意為此付出代價。沒有了超級市場的羈絆，伯戈洛夫開始把目光瞄向了W國和我國合作的581工程進度。當他得知鴻翔集團已經完成了初步測繪，開始從W國招募工人準備施工時，他決定給這些人一些教訓。W國邊境上，一輛大巴車滿載著工人去往鴻翔集團的工地，噩夢突然降臨，幾個恐怖分子沖上了車后一通掃射，隨后拍了一條視頻把車子移到了一邊，準備去襲擊下一輛大巴車。待恐怖分子走遠后，幸存者漢斯從尸體堆里爬了出來，他跌跌撞撞地拼命逃跑，竟然穿越國境來到了秦曉陽他們駐扎的營地。
趙大鵬聽到漢斯反映的情況后立刻向反恐中心匯報，常建安發現，即使調派直升機前去支援也要1個小時，而W國的反恐部隊趕去則會更長時間，而下批工人還有三十分鐘左右就會到達遇襲地域。趙大鵬主動請纓，這也是目前唯一能阻止恐怕襲擊的力量，常建安最終同意了趙大鵬的請求，并讓姜玫調用衛星關注敵人的動態，為趙大鵬他們提供支持。
趙大鵬帶著姜曉陽和朱麗彤在漢斯的帶領下找到了之前遇襲的汽車，看到37具無辜工人的尸體，三個人都很憤怒。還好他們幾人截住了那輛運送工人的大巴，常建安命令他們就地隱蔽等待援兵，但此時附近兩個方向都有恐怖分子向他們接近，趙大鵬只能選擇恐怖分子人數的方向突圍，他們都換上了工人制服，與恐怖分子遭遇后趁他們還沒反應過來，順利俘虜了幾個人。可是隨后便與另一隊恐怖分子遭遇，趙大鵬與他們談判未果，秦曉陽建議他們三人下車吸引火力，讓車上的人趁機逃生。
三個都在天狼服役過的特種兵配合默契，相互掩護一舉殲滅了所有恐怖分子，可趙大鵬卻再也無法與他們并肩作戰了，臨終時他拉著秦曉陽的手，喃喃地說，他已經成為了一個合格的戰士，希望他能夠重回天狼為國效力。趙大鵬犧牲了，大家懷著沉痛的心情告別這個天狼的優秀戰士，秦曉陽為失去戰友和師傅而悲痛，他認真地清掃著衛生，仿佛聽到了趙大鵬還在對他下著命令，猛一抬頭，他看見了姜玫遠遠地走了過來。
姜玫過來找秦曉陽，一是看看他目前狀態如何，是否已經從之前的陰影中完全走了出來，二是給他通報兩個消息。因為秦曉陽與趙大鵬、朱麗彤成功營救了W國30多名平民的生命，秦曉陽被授予了個人二等功。由于暗網平臺的恢復，之前已經在調查的幾十件暗網交易，除了已經抓到幕后黑手的7宗外，其它的都中斷了線索。姜玫告訴秦曉陽，趙大鵬犧牲前已經向組織申請讓秦曉陽重新回歸天狼，而秦曉陽這次的出色表現也讓天狼重新接納了他。但是秦曉陽依然顧慮重重，心中那個結始終在纏繞著他，姜玫讓他好好考慮一下，能力越大責任也就越大。秦曉陽經過反復思考，他終于闖過了內心這道關卡，重新回到了天狼二隊。戰友們看到他的回歸都很開心，姜玫也想上去和他打招呼，但是想到如今兩人復雜的關系，還是選擇了轉身離開。
回到數據中心后，程柳把關于超級市場木馬解凍的分析報告發給了姜玫，姜玫看到后大吃一驚，她要來了原始數據自己分析，最后得出了一個難以置信的結論。姜玫急忙把情況匯報給常建安，原來姜玫發現這種幫助木馬解凍的編碼方式自己很熟悉，而對這種編碼運用最純熟的人正是唐石和秦曉陽。常建安不動聲色讓姜玫先繼續工作，自己和高參謀長去商量對策。原來W國也傳來消息稱唐石本以被列入到W國反恐部隊的陣亡名單，但現在W國的情報部門卻把他重新劃歸為通緝犯，結合姜玫給到的信息，常建安和高參謀長懷疑唐石就是伯戈洛夫的臥底，而且他們得到了另外一個消息，唐石原本在國內的家人突然申請了去M國，這更加重了他們對于唐石臥底身份的嫌疑。
姜玫來找秦曉陽，告訴了他關于唐石奶奶和弟弟即將出國的消息，讓秦曉陽和自己一起去機場送別她們。秦曉陽這才從唐石奶奶嘴里聽說了唐石在W國的撫恤金已經發放下來，有人通知他們幫唐糖安排好了在M國治病的事情，讓他們一起前往M國。兩人送唐糖和奶奶離開，秦曉陽偷偷地在她們的包裹里塞了一大袋現金，可他倆都沒想到她們此行就是羊入虎口。
唐石通過這段時間對超級市場的研究，發現暗網的服務器應該就在W國的荒山里，他向伯戈洛夫提出要去控制中心看看超級市場的底層代碼，但伯戈洛夫卻對他還有疑慮，堅持讓他只負責研發最新的超級市場3.0就可以了，別去關心其它的事。唐石提醒伯戈洛夫，自己和他只是一種平等合作的關系，伯戈洛夫露出神秘一笑，之后給唐石看了一段視頻，畫面當中正是唐石的奶奶和弟弟。伯戈洛夫警告唐石，如果他乖乖替自己干活，他的家人就會在M國過得好好的，否則結果他可以自己去想。
唐石不甘心就這樣被伯戈洛夫控制，他決定根據自己找到的線索硬闖控制中心，拿到暗網平臺的底層代碼，這樣就擁有了可以和伯戈洛夫談條件的籌碼。唐石依靠高超的電腦水平和敏捷的身手一路混進了控制中心，然而他很快就被王鐸發現了，王鐸不知道他到底是誰，但是敢闖暗網的控制中心，應該就是恐怖分子的敵人，于是王鐸只是利用攝像頭觀察著唐石的一舉一動，并沒有立刻揭穿他。唐石很快找到了主機機房，他準備復制底層代碼。因為王鐸之前在超級市場2.0里加裝了一個偵測系統，在不知道對方身份的情況下，為了避免自己的秘密曝光，王鐸只能選擇按響了警報器，大批警衛立刻開始對唐石進行圍追堵截，王鐸隨后通過唐石的電腦和他交流，幫助他逃脫了警衛的追殺，順利逃離了控制中心。
唐石有些沮喪地回到住處，宋安琪正等在那里等他，宋安琪早就料到唐石不會輕易低頭，得知控制中心被入侵的事情后，她第一個就想到了唐石。宋安琪非常擔心伯戈洛夫也會猜到這一點，那么唐石就會面臨巨大的危險。伯戈洛夫知道唐石不會善罷甘休，他主動讓王鐸關停了超級市場，然后約見了唐石。伯戈洛夫對中國和W國聯合反恐很是忌憚，他準備用同樣的辦法來報復給自己造成重大損失的中國武警。伯戈洛夫告訴唐石，自己已經暗中收購了一家名叫冰峰的中國公司，它們目前正在和中國武警數據中心聯合開發一款軟件，伯戈洛夫希望唐石去中國擔任這個公司的總經理，然后利用和武警合作的機會，把木馬植入武警中心的電腦，侵入他們的衛星系統。唐石雖然與KK集團正在合作，但是他卻沒想過真的要和自己的祖國作對，心里自然十分矛盾，但是伯戈洛夫有著他的家人這個籌碼，他不得不按照伯戈洛夫所言行事。
王鐸把有人夜闖控制中心的事情上傳遞給反恐中心，因為唐石一路躲避著攝像頭，他只截取到了唐石的背影照片。這個神秘人和伯戈洛夫主動關閉超級市場一定很大的關聯，但他究竟是誰，伯戈洛夫又為什么好不容易重啟，又要關停超級市場，常建安和高參謀長一時都難以判斷，只好決定見機行事。
不管伯戈洛夫基于何種原因關閉了超級市場，畢竟它的停止運轉給反恐中心帶來了短暫的安寧，常建安便讓姜玫轉移工作重心，先去完成和冰峰公司合作的體能開發系統，把超級市場的工作暫時交給程柳。常建安其實已經得到了唐石回國的消息，而且他一回來就入主了冰峰國際，搖身一變成為了這家公司的總經理。他們也查出冰峰公司很可能是被KK集團的下屬公司所收購，那么唐石此行的目的可想而知，就是借著和武警部隊合作的機會，伺機侵入我方的作戰系統。
盡管幾乎可以確認唐石就是伯戈洛夫的手下，但是常建安他們最終的目的是徹底鏟除暗網平臺，而不是打草驚蛇去抓幾個伯戈洛夫的馬前卒，所以高參謀長建議采取請君入甕的策略，制作一個虛擬的作戰指揮系統來引誘唐石入侵，然后實施反向追蹤，直接把矛頭指向KK集團。常建安覺得這個計劃可行，但是他擔心姜玫太過年輕禁不住感情的誘惑，特別囑咐高參謀長先別把這個計劃告訴姜玫。
冰峰公司負責和武警部隊對接的郁雯接到通知急忙回到公司，這才發現總經理已經換了人。唐石剛到公司就召集各部門開會，重點詢問了和武警部隊正在合作的這個項目，督促郁雯按計劃完成前期的數據采集工作。郁雯經過檢查發現，現在數據缺少最多的就是被下放連隊剛回來的秦曉陽，她叫上姜玫一起，直接幫秦曉陽請好了假，拉著他去冰峰數據的體能中心開始了數據的補充。結果令郁雯非常驚訝，秦曉陽的體能在他去了W國歸來后有了很大程度地提高，很多極限數據在天狼一隊也能排到前三名的行列。而姜玫最為清楚，這都是秦曉陽刻苦訓練的結果。
結束了數據補測，姜玫提出開車送秦曉陽回到部隊，秦曉陽卻拒絕了她稱自己準備跑步回去，姜玫心里很是失落。秦曉陽臨走的時候給每個戰友一個熱情的擁抱，姜玫也希望秦曉陽能抱抱自己，秦曉陽略顯尷尬地抱了她一下，然后轉身跑開了。讓大家沒有想到的是，他們這種獨特告別方式的背后，有一雙眼睛正緊緊地盯著他們，唐石看到秦曉陽擁抱了姜玫，忍不住回想起宋安琪那些添油加醋的說法，開始覺得秦曉陽就是為了追求姜玫故意害死了自己，他憤怒于自己好兄弟對自己的背叛，直接捏碎了手里的酒杯。唐石回到住處不停地喝起悶酒，宋安琪知道他一定是見到姜玫了，于是她主動抱住唐石，希望他不要太難過，自己永遠都會站在他的一邊。唐石知道自己和姜玫再無可能，便坦然接受了宋安琪，但是他覺得留在自己身邊的人都沒有好的結果，叮囑宋安琪一定要多加小心。
最后一次數據采集即將開始，這是一次為期6天的野外生存訓練，姜玫作為數據采集的主要負責人，和天狼二隊的隊員們一起來到了國境線附近的樹林，就在大家原地休整準備展開訓練的時候，通訊器突然接收到信號，顯示附近闖入了非法入境者。段宇哲立即將情況上報，上級命令他們暫停數據收集，優先抓捕非法入境者。徐筱雨優先考慮姜玫的安全，她讓單兵技能最為突出的秦曉陽護送姜玫離開，其余隊員參加抓捕行動。
兩個原本相處就尷尬的人被迫單獨踏上了返回基地的路，姜玫在水塘邊洗臉，結果卻被水蛇襲擊。秦曉陽趕忙為姜玫處理傷口，還直接幫她吸毒放血，讓姜玫很是感動。入夜時分，秦曉陽升起篝火，兩人圍在火邊說起了心事，秦曉陽表示自己現在最大的愿望就是希望時光可以倒流，自己能抓住懸崖上的藤條救回唐石。姜玫提到她最大的愿望是能見一見親生父母，秦曉陽得知她竟然是常建安的養女有些吃驚。姜玫對自己以前的種種不懂事很是自責，覺得對不起常建安夫婦，看著哭泣的姜玫，秦曉陽忍不住安慰著她。兩人都沒有意識到，就在離他們不遠的地方，唐石正通過狙擊步槍觀察著兩人的一舉一動，深受背叛痛苦折磨的唐石差點就要扣動扳機，宋安琪及時趕到攔住了他，勸他不要打草驚蛇，破壞了伯戈洛夫的計劃，因為他的家人還掌握在伯戈洛夫手中，只有按照伯戈洛夫的話去做，才能保證他們的安全。唐石只得放棄了打死秦曉陽的計劃，恨恨地和宋安琪轉頭離開。
天狼二隊的隊員們順利抓捕了非法入境者，經過檢查，這些非法越境者攜帶的東西，正是超級計算機的重要部件。常建安和高參謀長認為，這些部件很可能是KK集團準備給唐石提供的，用來和武警數據中心對抗的電腦主機部件。常建安一邊催促高參謀長快速安排好偽裝系統，一邊決定把唐石回國的消息對秦曉陽和姜玫保密。如果唐石真的主動接觸他們兩人，正好借機來驗證一下他們的推測是否正確。