劉文書再次來到實驗站，自稱以后就是這里的人了，要和他們同吃同住，口口聲聲要做政治思想工作，鄭君很討厭他，唯恐避之不及。
許靜芝去工作，讓邵紅柳留下來照顧許牧，邵紅柳特意做了許牧最愛吃的煎蛋，可許牧醒來不但要找許靜芝，還說自己喜歡吃煮雞蛋，邵紅柳也只好認輸，而且許牧不喜歡她做的布老虎，手里一直抱著許靜芝做的羊，還自稱是林凡清的羊，邵紅柳煮好雞蛋，發現許牧不見了蹤影，許靜芝正好回來，她看到桌上羊頭的方向，就知道許牧去哈里木家了，這是他們母子倆約好的暗號。
許靜芝陪邵紅柳來到哈里木家，發現他賭氣藏在被子里，還念念不忘邵紅柳多給他加火柴的事。邵紅柳本來想把許牧帶回去住幾天，可是看他離不開許靜芝，還對自己耿耿于懷，回去的路上一言不發獨自生悶氣。
吳團長收到劉文書的匯報，埋怨林凡清和齊懷正思想太保守，做事畏首畏尾，吳團長讓劉文書下達他的命令，要把實驗站百分之八十的二代邵氏羊做橫交實驗，林凡清和鄭君堅決不同意，這對羊群是滅頂之災，劉文書口口聲聲稱這是政治任務，必須嚴格執行，齊懷正向吳團長說明理由，可是吳團長固執己見。
齊懷正故意隱瞞了種羊的數量，只拿出240只做實驗，其實實驗站有630只種羊，林凡清讓鄭君幫邵紅柳他們把多出的種羊藏到土匪的根據地，吳團長突然來到實驗站，讓劉文書仔細核對數量，劉文書想帶吳小豆去，齊懷正派楊北斗協助他，吳團長沒有看到楊月亮和邵紅柳，立刻派人把她們倆找來開現場會，劉文書核對無誤，吳團長才悻悻離開。
林凡清和鄭君開始種羊橫交實驗，齊懷正全力支持他們，結果橫交實驗失敗，羊羔全部胎死腹中，林凡清急得一籌莫展，立刻找畜牧廳的童大夫求助，獸醫專家魏大夫帶來急救藥，讓林凡清先注射在十只種羊身上，魏大夫覺得是條件還不成熟，就急于做橫交實驗造成的，經過大家緊急救助，種羊死亡率控制在百分之十，林凡清和魏大夫進行解剖，發現種羊很健康，死亡原因是難產，魏大夫和所有人員齊心協力人工助產，最大可能地挽救種母羊和羊羔的性命，吳團長把責任全怪在林凡清和齊懷正身上，譴責他們沒有完成戰略任務，林凡清一心就想救活羊，對吳團長置之不理，鄭君沖進來強烈譴責吳團長，齊懷正主動承擔事故的責任。
與此同時，巴圖爾從齊懷正和林凡清偷偷藏起來的種羊中，拿出十只做橫交實驗，取得了成功，林凡清認為是自己實驗的某個環節出了問題，是他的失誤造成了上百只種母羊的死亡，魏大夫想解剖巴圖爾的種羊找原因，林凡清很自責。
齊懷正對林凡清好言相勸，可是林凡清還是覺得自己犯了不可饒恕的罪過。林凡清一夜未歸，他趕到總場向吳團長坦白藏了300多只羊，吳團長覺得他的決定毀了整個戰略目標，林凡清明確指出吳團長的決策是錯誤的，他愿意承擔實驗失敗的責任，吳團長極力撇清自己，把林凡清關了禁閉。
劉文書奉命來到實驗站，因為林凡清被關禁閉，由他全權負責牧場和試驗站的所有事務，鄭君不服氣，和劉文書據理力爭，邵紅柳立刻騎馬來陪林凡清，鄭君來找吳團長理論，也要陪林凡清一起坐牢，與此同時，齊懷正去找柴師長告狀。
林凡清埋怨鄭君太沖動，應該留下來照顧種羊和羊羔，可是珍君已經心灰意冷。柴師長狠狠教訓了吳團長，他立刻把林凡清放了出來。林凡清帶著小豆子來到巴圖爾的家，要殺他一只種羊做解剖實驗，四個多小時過去了，林凡清由于過度勞累，急火攻心暈倒在手術臺上，鄭君繼續解剖，發現種羊的肌肉密度太小，不能再一味按照國外的喂養方式飼養。
許靜芝緊急搶救林凡清，林凡清心里壓力太大，一時無法承受這樣的打擊，邵紅柳和許靜芝都不知道怎么安慰他，就讓許牧去安慰鼓勵他，許牧稚嫩的歌聲讓林凡清壓抑的心情漸漸釋懷，林凡清很快好了起來，和鄭君他們一起總結經驗教訓，繼續開展羊群改良的工作，取得了前所未有的成績。
轉眼間四年過去了，林凡清要去北京參加全國科技表彰大會，吳團長親自來送他，并真誠地向他和鄭君賠禮道歉。林凡清走后，劉文書就對鄭君挑撥離間，科研成果都被林凡清一個人拿到了，他替鄭君打抱不平，可是鄭君卻是心服口服，劉文書竟然厚顏無恥替自己爭功，還讓鄭君替他做出文字證明，鄭君氣得哭笑不得，堅決不寫，劉文書對他威逼利誘。
齊懷正和鄭君一起去牧業隊考察，楊月亮想好好照顧美月，可美月心里只有齊懷正，根本不領情，還笑話她沒上過學不認字。林凡清開完會回來，發現大街上貼滿了大字報和條幅，他想向師長匯報工作，才知道師長去開會了，林凡清直接回到實驗站，隨后，許靜芝帶許牧來看林凡清夫婦，齊懷正和林凡清都感覺情況有點不對勁，只能靜觀其變。
劉文利搖身一變成了革委會主任，他對吳團長威逼利誘，逼他揭發林凡清和齊懷正的反革命行為，吳團長堅決不干，劉文書宣布上級命令對他就地免職，吳團長寧可去馬場喂馬，也絕不揭發林凡清和齊懷正，劉文書氣得咬牙切齒，當即決定今晚就揪斗林凡清和齊懷正。
楊月亮發現兩輛大卡車奔實驗站而來，邵紅柳決定正面應對，讓楊月亮去拿棍子。
吳團長被發配到馬棚，齊懷正被劉文書下放到學習班改造，邵紅柳得知柴師長也被送進牛棚，覺得世道變了，林凡清堅信朗朗乾坤不會讓小人當道，齊懷正趁人不備，偷偷冒著暴風雪連夜來到實驗站，勸林凡清和鄭君去躲一躲，因為劉文書明天就要帶人來抓他們，但林凡清不愿意扔下視之如命的羊群和實驗站，鄭君堅決和林凡清一起面對，林凡清不想連累齊懷正，讓他趕快回去，齊懷正很著急，苦苦懇求也無濟于事，最后，齊懷正跪下求他們離開，林凡清信誓旦旦表示要像個男人一樣堂堂正正面對，齊懷正無奈，只好含著眼淚賭氣離開了。林凡清和鄭君站在暴風雨中大聲吶喊，邵紅柳和楊月亮也和他們勇敢地站在一起，共同面對接下來的狂風暴雨。齊懷正一回到農場就立刻打電話給李國祥求助。
李國祥讓塔北縣公安局把林凡清和鄭君帶走，就是避免他們被劉文書陷害，劉文書趕到實驗站撲了一個空，立刻派人去查，才知道是齊懷正走漏了風聲，劉文書氣得咬牙切齒，立刻把齊懷正找來興師問罪，齊懷正矢口否認，還故意轉移話題，劉文書看出齊懷正和李國祥合謀，表面上是抓人，其實是把林凡清和鄭君保護起來，但是忌憚他是戰斗英雄，也不敢輕舉妄動，齊懷正威脅要揍他。
李國祥把林凡清和鄭君安置下來，不許他們離開半步，可林凡清堅持要和劉文書斗爭到底，李國祥無奈，只好讓許靜芝勸林凡清和鄭君，林凡清不想當逃兵，更不想因此連累齊懷正和李國祥，許靜芝聲色俱厲地譴責他們，為了自己的尊嚴不惜讓親人和朋友做賭注，林凡清和鄭君被說得啞口無言，幡然醒悟，答應暫時到花鹿溝后山避避風頭，還可以在那里建立實驗站。
許靜芝護送林凡清和鄭君來到花鹿溝，李國祥還給他們捎來兩只槍防身，任務是在邊防站崗放哨，而且出山的時候必須交出一批良種羊。劉文書讓楊北斗一個星期之內找到林凡清和鄭君，就答應讓他做小隊長，楊北斗受寵若驚，立刻陪劉文書去實驗站視察，在羊圈里挖出了了當年他偷吳小豆的日記本，楊北斗想把日記本還給吳小豆，劉文書才說吳小豆犯錯誤了，現在在總場的學習班。