西九龍重案組通過遺落在海底的寶石，第一時間聯系買家了解情況，并且采集氧氣瓶咬嘴的DNA，終將嫌疑目標鎖定在死者女友身上。高級督察井浩然審訊嫌疑人，拆穿她和死者孫仲強以籌辦聚會為由，合伙竊取寶石項鏈。
后來女友變心愛上黃堅，想要獨吞寶石萌生歹念，趁著孫仲強準備下海打撈贓物，悄無聲息地換掉氧氣瓶，繼而導致他因氮醉缺氧身亡。孫仲強女友據理力爭，直到井浩然拿出租用氧氣瓶的記錄，這才供認不諱。
案件結束以后，法證部化驗師余星柏和法醫范佩清吃飯時，認真討論關于氮含量的話題。余星柏親自出海潛水實驗，證實低含氧量的氣瓶照樣可以讓人產生氮醉反應，范佩清知道他具有冒險和求知精神，早已是司空見慣，隨口提及新任督察井浩然，遲早他們都要見面。
郊外村屋發生火災，具體起火原因不明，余星柏委派徒弟湛霆跟隨范佩清帶隊勘查，引起井浩然不滿。由于現場唯一一具焦尸難以辨認，所以范佩清準備采取屋主任樂萍唾液進行比對，目前通過尸體沒有逃生特征，初步判斷為兇殺案件。
范佩清留意到房間里擺放許多藥品，為此感到疑惑好奇，屋主任樂萍表示自己曾是護士，又因弟弟妹妹體弱多病，索性多買些藥品放在家里，以備不時之需。正說話間，任樂萍突然接到電話得知妹妹任樂盈遭人綁架，綁匪命令她準備一百萬贖金。
重案組調取有關任樂萍的資料，發現她父親任志輝早在十二年前出軌離家，母親郭珊珊沒多久去世，留下妹妹任樂盈和弟弟任樂行。姐弟三人相依為命多年，奈何任樂盈患有白血病以及肌肉萎縮癥，至于任樂行則是嚴重哮喘，近期查出疑似肌肉萎縮。
也正因姐弟經歷在媒體報道后，引起廣泛關注，任樂萍辭掉護士工作之后，便在網上開通社交賬戶，日常發布他們的義工慈善信息。可是除此之外，沒有任何信息有利于偵破，追蹤電話毫無線索，綁匪要求明天必須繳納贖金。
井浩然通知下屬盡快調查任樂盈身邊的可疑之人，反觀法證部推敲焦尸極有可能是家務助理陳笑。湛霆等人討論案情沒有實質性進展，但是余星柏輕而易舉指出問題所在，又在任樂盈指紋的血刀上發現綁匪血跡，兩組基因圖譜比對過后，結果說明綁匪和任樂盈存在親子關系。
任樂萍通過警方獲悉綁匪就是任志輝，立馬以網絡直播的方式懇求他能放過妹妹，殊不知，這種做法變相激怒任志輝。范佩清對焦尸進行檢驗，發現死者并非是受到外來襲擊引致肝臟以及骨髓損傷，而是源于低電壓交流電。
自從任樂萍直播之后，村屋附近圍堵眾多媒體記者，事件疑似越鬧越大。重案組得知任樂萍姐妹出行經常會由岑冠峰接送，便從他行車記錄儀里尋找些蛛絲馬跡，果然看見一輛多次出現在拍攝范圍內的汽車。
依照汽車行蹤軌跡，重案組連夜趕去廢棄倉庫，奈何任樂盈已被轉移。井浩然發現門外兩種不同的鞋印，便到任樂萍家附近守株待兔，沒想到后半夜來人竟是余星柏，才知他是懷疑電死陳笑的真正兇器就在這里。
余星柏認為陳笑遭到襲擊之后，肯定會用通訊器材向外界求救，果然在房間里發現平安鐘已經被人改裝。結合目前所掌握的信息，余星柏基本可以斷定死者嘗試用平安鐘求救，同時打翻精油接觸到漏電，產生火花引起火災。
醫院初步做過核磁共振及血液檢測，尚未發現導致任樂行雙腿無力的原因，但是也不排除遺傳性肌肉萎縮癥狀。井浩然來醫院向任樂萍詢問關于平安鐘的事情，任志輝突然來電警告她湊足贖金，電話里還傳出任樂盈的聲音。
法證部提交平安鐘的檢查報告，完全符合余星柏的猜測。唐心陪著任樂萍去銀行取錢，但是任樂萍表示自己取完錢要回家吃藥，到時候會乘坐岑冠峰的順風車。井浩然等人一路尾隨岑冠峰，怎知他突然失控加速行駛，最終翻下山崖車毀人亡。
重案組在岑冠峰家里找到許多平安鐘和束線帶，看來是他改裝任樂萍家的平安鐘。任樂萍在警方的陪同下，焦急等待任志輝的電話，根據對方提供的地點去交贖金。重案組潛伏在人群里監視著情況，眼看著任樂萍將錢袋放入垃圾桶，直至可疑目標出現后，錢袋里的紙幣居然全是白紙。
法醫檢驗出岑冠峰血液里含有大量心安靈，屬于正常用量的四倍，這種藥物屬于鈣離子通道阻滯劑，服用過量會導致人體血壓大幅度下降。根據醫院提供的心電圖記錄，基本可以證明岑冠峰完全沒有需要服用心安靈的心臟病史，也就意味著他是死于謀殺。
余星柏對比倉庫門外鞋印，質疑任志輝或許還有同黨。法證部接連查到重要線索，坐實岑冠峰在平安鐘里動手腳導致陳笑觸電身亡，以及他飲用摻有心安靈的咖啡，分量足以令人血壓驟降、頭暈甚至失去意識。
井浩然暗中監視等待綁匪出現，沒想到贖金居然變成白紙，負責陪伴任樂萍的女警遭人襲擊昏迷，任樂萍早已不在車內。范佩清來電透露七年前馬克醫院有過類似案件，病患死于鈣離子通道阻滯劑中毒，盡管后來作為普通案件處理，可是當年內科病房護士正是任樂萍。
正如范佩清等人所料，重案組在任樂萍房間里發現心安靈，立馬實施定位追蹤，通過岑冠峰的私人手機，大概位置鎖定在元朗四坑村。井浩然和唐心等人繞著村莊尋找任樂萍，懷疑她極有可能故意丟掉手機誤導警方，果然警員通過云端查到她搜索過大樹下南路的地方。
然而等到重案組匆忙趕去時，看見任樂萍背后中刀氣絕身亡，沿著血跡往廢棄樓房尋去，任志輝已經倒在血泊里。任樂盈受驚過度送進醫院，醒來后向警方講述事情的來龍去脈，聽聞參與綁架并且車禍身亡，瞬間崩潰痛哭。
至于任樂萍要謀害岑冠峰的真正動機，井浩然有理由懷疑是她知道岑冠峰和妹妹談戀愛，也知道這個男人要殺自己，索性先下手為強。如今任志輝已死，法醫部又發現維生素藥瓶里查出沃力特，這種藥物會導致低血壓和肌肉抽搐，完全不利于任樂盈和任樂行的病情。
但是余星柏從岑冠峰車里找到湃健力藥片，倘若服用沃力特會破壞電解質平衡，那么湃健力則是完全補充電解質。包括在任樂盈的報告里，完全看不到她患有骨髓白血病的記錄，檢查雙腿肌肉完好，所以范佩清和余星柏商討過后，共同認定任樂盈是在警方面前演戲。
當晚任樂盈給弟弟辦理出院手續，約定要去國外旅行，可惜還未出醫院大門，井浩然等人已經攔住去路。任樂盈面對井浩然的審訊，抵死不肯承認殺人罪行，可當法證部提交來新物證，心理防線徹底被擊破。
任樂盈如實坦白事實真相，包括不為人知的秘密，當年任樂萍想要在大家面前展現好姐姐的形象，每天都給她和任樂行下藥。后來任樂盈和岑冠峰瞞著姐姐談戀愛，并且在岑冠峰的建議下，決定偽造成姐姐觸電身亡的假象，奈何計劃全因任志輝的出現而終止。
任志輝為償還高利貸才向女兒索要贖金，但是任樂盈以自己和弟弟的悲慘遭遇博得父親同情，并且及時聯系岑冠峰監視警方的一舉一動，這也就是為何重案組抵達廢棄倉庫時，父女倆早已離開的原因。
本來任志輝跟任樂盈約定，只要拿到錢就平分贖金，任樂盈可以帶著弟弟去別的地方生活。但是任樂萍沒有想要放過任志輝，掏出事先準備好的匕首刺向對方，任樂盈躲在角落里目睹全程，趁她不注意從背后偷襲。
為了洗清自己的嫌疑，任樂盈清理案發現場，并且將匕首指紋抹去，嫁禍給任志輝和任樂萍同歸于盡，唯獨忽略衣服上的血跡，以及斜坡下的男士鞋子。雖然警方同情任樂盈姐弟，表示任樂萍不應該這么做，可她也無權利決定姐姐的生死。
任樂盈在禁閉室上吊自殺無果，反而意外得知任樂萍患有代理型孟喬森綜合征，一種虐待他人獲取依賴和關注的心理疾病。任樂萍對妹妹弟弟以及馬克醫院的病人下藥，還是因為內心深處渴望被人需要，范佩清希望任樂盈能夠釋懷仇恨，權當是為自己和弟弟好好活下去，只有留著性命才有機會體驗到真正的幸福。
井浩然向余星柏表達感謝，然而余星柏故作高人傲嬌，反倒是范佩清主動邀請他去酒吧喝兩杯。兩人合作多起案件得以偵破，越發感覺到默契，相較于之前的初印象，居然有種全新改觀，看似古板又無趣的井浩然，居然也能在臺上激情演奏。
香港校際音樂節隆重舉辦，范佩清受邀陪同嘉朗四手聯彈，嘉朗父母在觀眾席上全程關注，直至演出圓滿結束。昔日閨蜜悠悠為家庭放棄法醫工作，備受丈夫寵愛之外，還在培養兒子嘉朗的鋼琴天賦，如此美滿人生令范佩清為之羨慕。
接下來的幾天里，范佩清留意到信封被人拆開過，回家途中遭遇尾隨，索性將計就計，聯合余星柏引蛇出洞。余星柏事先在巷子里涂灑熒光劑，憑借著黑光燈追蹤到附近茶餐廳，查看過前后門確定對方尚且在茶餐廳內。
正巧兩名警察沿街巡邏，余星柏和范佩清主動向他們報警，并且說明情況。餐廳老板應要求關燈，熒光暴露出尾隨者的位置，范佩清一眼認出他的身份，此人便是七年前情侶自殺案的當事人秦克男，沒想到秦克男堅稱是謀殺案，懇請范佩清能夠重新調查。
雖然范佩清果斷拒絕秦克男的要求，可她還是找出當年自殺案的新聞報道，患者陸詩詩和醫生秦克男相愛，結果引來社會異樣眼光輿論，就連院方領導都勸說秦克男盡快分手。陸詩詩為保護秦克男的名譽選擇跳樓自殺，但是法醫黃永權尸檢過程中，意外發現陸詩詩血液里含有大量的那替明。
所謂的那替明，實則是一種精神科藥物成分，服用過量會引發癲癇以及心律不齊，所以檢方結合黃永權給出的檢查報告以及死者遺書，最終秦克男自殺協定罪成立。秦克男出獄后查到陸詩詩自殺前購買過舞鞋，堅定認為她是被人毒害，從而萌生出翻案的想法。
譚倩雯兼職公關參加米歇爾的酒會，結果遭到老外咸豬手，激烈反抗引起米歇爾的不滿，幸好公關負責人韋建邦及時出現。米歇爾看在韋建邦的面子上沒有深究，讓他等酒會結束后到自己房里，韋建邦看出譚倩雯的擔憂，安慰她不必擔心自己。
由于譚倩雯飽受失眠困擾，通過網絡結識相同遭遇的網友，并且在線下齊聚溫馨小屋，相處起來格外融洽。組員龍友分享上次在墓地聽到風鈴聲入眠，譚倩雯鼓起勇氣去墓地，沒想到遇見同為組員的井浩然，二人有說有笑坐到天亮。
重案組接到命案后，第一時間趕往現場勘查，初步判斷米歇爾死于勒殺，保險箱內的財物不翼而飛。警方逐個排查案發之時的相關人員，唯獨韋建邦越查越可疑，無論是他臉上的傷口，亦或是口供筆錄。
法醫張世熙親自檢驗死者指甲殘留物，并且推斷米歇爾死亡時間是凌晨一點到兩點半，也就是宴會結束之后。如此看來韋建邦沒有提及他和米歇爾吵架的事情，顯然是要刻意隱瞞，譚倩雯堅信韋建邦沒有殺人動機，表示自己坐車離開宴會時，注意到車窗外一位穿著黑色衣服的人走上山，奈何天黑看不出任何特征。
范佩清偶遇幫助她抓秦克男的女警霍寶英，二人交談間，怎知秦克男突然來找范佩清，重提七年前的案件。古惑仔阻攔范佩清解刨忠爺，失手捅傷獄警造成他肝臟大量出血，場面一度陷入混亂，還有人不慎弄灑漂白水，混合獄警失禁的尿液產生氯氨氣體。
毒氣在短時間內導致眾人中毒，秦克男不顧自身安危跑來幫忙，通知大家先出去，而他留下來給獄警輸送新鮮血液，保證他生命能夠堅持到救護車出現。古惑仔承認這次是自己的問題，可他依然警告范佩清不要妄想在忠爺身上動刀，說完就揚長離去。
秦克男吸過氧氣已經安然無恙，霍寶英看著他獨自站在不遠處的角落里，試探詢問范佩清是否考慮翻案，畢竟通過這件事情讓她對秦克男有所改觀。范佩清表示當年尸檢過程沒有任何問題，就算是霍寶英處于普通人立場抱有同情心，依舊無法改變客觀事實的存在。