首爾涵西洞的建筑硝煙彌漫，這里剛剛發生了一起爆炸。?NCI行動分析組隊員們趕往現場，來到了扣押趙太秀的地方，勒令趙太秀說出拆彈步驟，遠程指揮搜索要員崔尚賢，金賢俊等人拆除炸彈。
按照趙太秀的指示，搜索要員們來到了最后一個步驟——選擇pass，還是by?pass，趙太秀戰戰兢兢地說出了前者，隊長姜基炯看著他略有晃動的面孔，否認了他的答案，向成員發送相反的信息，卻被上級否決，選擇了pass。
火焰噴射而出，張牙舞爪地吞噬了尚賢，爆炸聲響徹天空。包括尚賢在內的四名隊員，全部犧牲。金賢俊被醫療人員救出，坐在混亂的角落，眼淚止不住的流了下來。
幾年后，在一片繁榮的都市中，一位女孩與一位二手車車主在網上約定看車，交易完成后，車主出動送女孩回家，然而后來，車主并沒有按照女孩的指示，而是打暈了女孩，關在一處籠子中蒙蔽著雙眼，任憑女孩撕心裂肺地哭泣也無濟于事。
這一起樸仁慧案件，成為了連環殺人案的又一起慘劇。
河善雨來到一家講座，在后排默默看著講臺上已經退隱多年的隊長姜基炯，現如今是一位犯罪側寫師。講座結束后，善雨來到姜基炯面前，勸說隊長回歸NIC，而隊長卻始終對當年的爆炸案難以釋懷。晚上，妻子看出了姜基炯的擔憂，勸解丈夫回歸，自己和孩子在家里等他。
此時身為普通警察的金賢俊正在調查關于樸仁慧失蹤的案件，NCI突然造訪，聯合警局進行偵查，金賢俊對于NCI當年誤導爆炸一事耿耿于懷，氣憤地跑了出去，河善雨無奈只好繼續安排偵查，犯人有嚴重的強迫癥，殺害下一個犯人的時間為一個星期后，因此拯救樸仁慧的時間，只剩下兩天。
金賢俊來到樸仁慧最后出現的街道上查找監控，遇到了同樣來偵查的善雨，善雨早已對這個看似游手好閑的警察有所興趣，便請求載他一程，車上，善雨通過觀察，說中了金賢俊特警出身的身份，卻反被金賢俊反諷一番。路上，善雨接到同事敏英的電話，通過調查，發現樸仁慧是在手機二手老爺車的過程中被人騙走的。
來到NCI，正在所有人分析案情時，回歸的姜基炯來到會議室，宣告樸仁慧已經死亡，金賢俊對姜基炯毫無根據的分析十分惱火，與姜基炯大吵起來。姜基炯看了看賢俊怒火的眼神，一眼就認出那個在爆炸案中生還的特警。金賢俊也清楚，這個男人正是害死自己好兄弟的罪魁禍首。
路人在垃圾桶找到了樸仁慧的尸體，果不其然，受害人真的遇害身亡，原來姜基炯在之前就查到還有一位隱形的死者沒有列位，按照順序，樸仁慧真正死亡時間將在今天。然而這一次的殺害，已經十分嫻熟的兇手卻像第一次一樣十分猶豫，是發生什么心里變化還是并非此人行兇不得而知。
姜基炯召開會議宣告側寫結果，犯人年齡在20至30歲，身材普通，能言善辯，特立獨行，有嚴重的偏執障礙，有過前科。
犯人樸宰民正如姜基炯所言，正在網上以兜售運動鞋為由，約到了下一個目標——尚賢的親妹妹娜英，送給經常來幫忙照顧家人的哥哥好友賢俊。
上車后，娜英漸漸感到奇怪，擔心出事的她偷偷打開手機撥打賢俊的電話，正當賢俊打回去時，犯人搶過娜英的手機，發出一聲呼喊后，手機便拋出窗外。賢俊意識到娜英有危險，焦急地開車返回尋找娜英。
賢俊來到手機信號斷開的地點，根據描述找到了車輛，并并根據路人的行車記錄儀找到了車牌號，將其一舉抓獲。側寫人員勘察嫌疑人家中時發現了有關姜基炯寫的書和當年誤導搜索員拆彈的報道，發現此人對基炯十分關心。
根據兇手棄尸垃圾桶來看，宰民應該并不會隨意丟在這種地方，而是帶有偏執的另行謀劃，因此一定有共犯保護宰民。賢俊查找宰民的車輛時，發現了一個揉碎的名片，上面寫著叫馬玄太的人，與此同時，善雨也在少年院查到了關于宰民的同窗馬玄太的事情。晚上，善雨到馬玄太工作的地方查證，卻發現馬玄太已經遇害。善雨出門追趕，卻被一輛車撞翻在地，車中的人舉起槍，朝向了善雨。
正當黑影中的人將要對著善雨開槍時，賢俊伴著警鈴呼嘯而來，黑影迅速上車逃跑，賢俊來到善雨身邊，善雨忍著痛，坐上賢俊的車，讓賢俊跟上車追捕犯人。
審訊室中，基炯從宰民的嘴中套出有關馬玄太的背景，此人是宰民一個看守舍的舍長，少年院長時間不見天日，很多人因為受不了漫長的日子選擇自殺，而舍長的職責正是阻止他們自殺，但當宰民的監獄中有人自殺時，舍長卻命令宰民亂棍打死。
賢俊一路窮追不舍，卻不禁黑衣人的橫沖直撞，再阻擋車子撞到行人后放棄了追蹤。善雨的傷口愈發嚴重，賢俊幫善雨包拔出刀后細心包扎好傷口，返回了馬玄太死亡的現場。
馬玄太含刀而亡，警方在他的身邊發現了機票和機場導航書，并在手機中找到了與119的通話記錄，馬玄太想要落跑但遭到滅口。
敏英和李寒在宰民家中尋找線索，發現電腦設有虛假密碼，只要輸錯5次就會自動銷毀電腦中的文件，敏英二人四次均失敗，直到最后一次，李寒看到宰民養的貓，分析宰民這樣的缺愛之人定會將愛心補給自己養的寵物上，于是在貓的身上查找，果然項圈上印有拉丁語“filius”，意為兒子，李寒將filius輸入電腦，終于成功。電腦中的文件正是關押娜英的地地方，娜英正在牢中掙扎不得。
基炯再一次審問起宰民，直截了當的戳穿了宰民的謊言：那天宰民告訴自己有關舍友自殺的故事是假的，真正自殺的人，其實是自己，而在旁目睹一切的，除了馬玄太，還有一位地位居于馬玄太之下的老二。
當時兩人將宰民拖進鍋爐房，將宰民百般折磨。正當宰民絕望之極時，一個黑影來到鍋爐房，上帝一般降臨在宰民身邊，要為自己報仇，黑影一刀戳向了老二的大動脈，血光四濺。宰民驚恐又過癮地欣賞著，從此，他便成了宰民的保護傘。
基炯質問那個殺害老二的兇手是誰，宰民絕口不提。經過基炯的分析，此人必定是那幾年負責教育少年犯的教導官，于是命令善雨和賢俊排查所有2011年左右的教導官，卻無一有嫌疑，正當二人準備離開，一個西裝革履的長發男走進了少年院，他是緩刑教導官，不需要常駐院中，負責情況嚴重的犯人。賢俊察覺到，這類教導官具有極大的作案可能，善雨仔細回憶，猛然想起當初調查宰民時的那位教導官的辦公桌上，所有東西順序擺放絲毫不亂，善雨立刻鎖定，是名為安尚哲的教導官。
晚上，安尚哲正坐在辦公室，游說一位具有殺人欲望的學生嘗試殺人，，突然，他瞥到樓下賢俊的車正秘密監視著他。此時二人等待許久，突然發現有人上了安尚哲的車準備離開，二人立刻追了上去，賢俊攔住車子，卻發現開車的并非安尚哲，而是那個洗腦的學生，安尚哲正開著別的車奔走在另一條路上，舉槍歡呼著。
李寒與IT能手NANA查看監控，發現牢獄上方的燈緩慢而有序的晃動著，監牢不在陸地上，而在船上，但只剩下不到一個小時，查詢漢江口的所有船只如同大海撈針，姜基炯利用各種手段，攻破了宰民的心理防線，得到了娜英囚禁的船只。
此時娜英不斷自救終于打開牢籠，但又被趕來的安尚哲擄走。基炯率隊員趕來，帶上賢俊一起在林中搜尋，根據指示來到了一所修煉院，此時安尚哲也正帶著娜英來到了修煉院中，正準備絞死娜英，二人及時趕到，刺激安尚哲惱羞成怒，將槍開向基炯，賢俊瞬間制服安尚哲，保住了娜英的性命。
事后，基炯推薦賢俊到NCI工作，善雨趕來勸說時遭到拒絕，善雨告訴賢俊，爆炸案一事有誤會，讓賢俊再三考慮。賢俊也猶豫不決，來到尚賢的墓前，發現自己以前的領導也在那里，領導向賢俊坦白，那天是自己阻攔基炯做出了后悔終生的決定。
晚上，基炯翻出照片，一個笑容甜甜的女孩，在十幾年前的渡江邊被人殺害，看完照片，基炯拿出推薦書，決定去NCI報到。而這份案件，也是善雨揮之不去的陰影。
敏英結束工作后乘列車返回，途中遇到逃犯上車，逮捕七名人質，敏英十分危險。
幾分鐘前，列車像往常一樣平穩地運行著，敏英NCI標志的文檔不小心掉落，一位身穿藍衣的胖男人目睹后緊張不安，身后，一位瘦削的男人正鼓勵著這位名為曹碩歡的男人準備做些什么。列車長和便衣警察來到車廂，告訴敏英有逃犯阻攔列車，使得另一位逃犯混進車中，就在這時，曹碩歡一把搶過手槍，打死了便衣和列車員，將槍頂上了敏英的腦袋。?????賢俊來到NCI上班，被基炯召集到會議室分析本次列車案件，賢俊通過監控發現碩歡模樣奇怪，拉近后，李寒判斷碩歡具有自發運動障礙，無法控制自己，隨時會有危險。
NANA遠程搜尋了列車所有人的身份，曹碩歡原本是出眾的工學博士，后來指責國家搶走自己專利后便精神失常，車中還有一位戴著帽子的男人身份不明，經過分析，正是混跡車中的殺人逃犯。
警察和NCI成員趕到現場，曹碩歡要求與最高層人物談判，基炯如他所愿，坐上高級車姍姍來遲，在車內監控查探情況，基炯按兵不動，碩歡終于按捺不住，向NCI打電話，逼迫基炯取出他想要的某個東西，基炯答應下來，并套路碩歡爭取一個小時的時間。
李寒注意到碩歡的胳膊有縱深的傷痕，是幻想自己胳膊里有追蹤芯片導致的，碩歡所說的東西是指他幻想的微芯片，只有拿掉所謂芯片才能是他恢復理智。賢俊套出硬幣，決定來到車廂，利用魔術蒙混過關。
賢俊假扮專家進入車廂，假意取出了碩歡的芯片，正當碩歡卸下心防交出槍時，逃犯突然大笑，戳穿了賢俊的把戲和身份，碩歡惱羞成怒將槍指向賢俊，千鈞一發之際，賢俊突然將矛頭指向逃犯，謊稱逃犯覬覦碩歡的專利，暗藏芯片在胳膊中，正當碩歡槍口轉換時，賢俊一腳踢飛碩歡，并將逃犯制服在地。
晚上，賢俊在辦公室收拾東西，善雨經過時，無意間看到了賢俊與一位少女年少時的合影，善雨震驚不已，這個少女正是自己一直耿耿于懷的渡江邊少女殺人案的被害者。而賢俊和她，是初戀的關系，賢俊一把奪過照片，善雨欲言又止，離開了辦公室。
第二天，所有人員來到基炯的家中聚餐，晚上，大家聚在一起進行提問游戲，善雨借機詢問渡江殺人案的問題，賢俊愣住了，隨后答了出來。善雨點點頭，將酒一飲而盡，渡江案件是兩人的共同的傷，可以明了。
基炯接到電話，來到了總長的家中，總長是基炯以前偵查組的隊長，如今病入膏肓?？吹交迹傞L將連環殺人犯開膛手的案件背后的事實坦白。當年，基炯在那時已經鎖定犯人正準備一舉抓獲時，總長卻收到開膛手的威脅，繼續追查全家性命不保。總長只好將基炯趕出偵查組。如今總長命不久矣，殺戮重新開始。
早上，警察趕到現場，一對男女被殘忍殺害，基炯趕來，看到尸體身上多了一副上一位死者的眼鏡，立刻認出了開膛手的習慣，立刻展開調查。
開膛手一貫讓男子目睹女子被殺后，再將二人一并殺害。而女子身上的眼鏡，正是當年被殺害后幸存的金永哲。NANA查到基炯一直關心的孫賢周記者每周三定期用公共電話與一個號碼通話，并耗費大量時間寫書還原開膛手的犯案過程，孫記者極有可能知道金尚哲的下落。
基炯通過孫記者找到了如今精神恍惚的金尚哲，說服他提供線索，在一番激勵后，金尚哲寫下聯系的地址交給基炯。
一個正在野餐的一家四口被開膛手抓獲，殺戮前，開膛手向基炯發出了死亡預警，基炯不為所動，殺完后，開膛手發現了躲在樹后瑟瑟發抖的兄妹，開膛手沖著孩子肆虐地笑著。
NCI趕到現場勘察情況，發現有孩子生還后，賢俊與善雨來到醫院，看到拒絕與外界交流的兄妹倆，賢俊找到哥哥，訴說自己小時候目睹身為警察的父親被殺的事情，哥哥感同身受，終于敞開心扉。
臨走前，哥哥將兇手留下的照片交給賢俊，是基炯妻兒的照片，善雨立刻聯系基炯確認母子安全。然而在商場，妻子瘋狂地尋找著兒子韓星，韓星澤被開膛手領到一處角落，撥打了基炯的電話。