在被折原殺害的敷村教授的電腦里，里有提示抗病毒劑所在的線索。藤丸與加納、南海一起，循著線索的提示好不容易來到了深山中的某個小屋。那個小屋是藤丸從前經(jīng)常與家人一起拜訪、充滿了回憶的地方，最近被敷村教授當(dāng)作了研究所……但是不知為何，藤丸一行人進(jìn)入小屋的事被恐怖分子們得知了，藤丸等人又一次陷入了危機中。
另一方面，在THIRD-i本部，由于叛徒與病毒感染著的出現(xiàn)而被問責(zé)的霧島交出了指揮權(quán)，信任指揮軍鐮田（齋藤步）的強硬作風(fēng)讓THIRD-i的成員們感到為難……
然后，在死囚房里做出詭異行為的謎樣男子神島紫門與恐怖集團令人意外的關(guān)系終于明朗了。
被人嫁禍殺死警察而被通緝的藤丸，在音彌、葵、真子（德永惠利）、英（久野雅弘）等報社成員的幫助下，躲在一個學(xué)校里。對于親人四分五散，又得不到「THIRD-i」信任的藤丸來說，那是唯一一個能冷靜下來落腳的地方。但是空無一人的學(xué)校里，卻驚現(xiàn)恐怖分子的身影！……此時J告知「THIRD-i」包括藤丸在內(nèi)的五個人已感染上了病毒，并向「THIRD-i」提出要求，讓他們以釋放神島紫門（嶋田久作）來交換這五人的解毒劑。
「THIRD-i」在已得知恐怖分子計劃后，新指揮官鐮田本著“為了戰(zhàn)爭，犧牲不可避免”的觀點，認(rèn)為與救出藤丸等人相比，抓住恐怖分子更為重要。
與外界斷絕聯(lián)系，又迫于病毒威脅的藤丸等人將會面臨什么樣的悲劇呢。
在與潛入學(xué)校的恐怖分子搏斗后，藤丸最終得到了抗病毒劑。但是，病徵出得很早的英還沒有來得及注射藥劑就氣絕身亡了。藤丸認(rèn)為英的死全部都是自己的錯，陷入了悲痛的深淵……
另外一方面，J為首的恐怖分子襲擊了拘留所，成功救出了教祖神島紫門，并開始實行最極端的病毒計劃{BLOODY?MONDAY}.
渡過了朋友的死，堅定了戰(zhàn)斗信念的藤丸和「THIRD-I」協(xié)力與恐怖分子面對面。"最后的星期一"，藤丸究竟能不能夠拯救朋友、東京和地球嗎?還有一個就是，因為J而逐漸明朗的事實，追逼著藤丸。